通常通过两个参数进行DEGs的筛选,分别是LFC和Pvalue或者FDR。其中,LFC是两个样本一个基因表达量的差异倍数,Pvalue和FDR是两个常用的统计指标,用于评估基因表达的显著性差异。FDR提供了一个更加严格的显著性评估标准,它考虑了多重比较的影响。 调整影响FDR的因素: 确保有足够的样本。样本量不足会影响Pvalue和FDR值,...
R语言DESeq2包做转录组RNAseq差异表达分析的一个简单小例子(两个问题补充)~pvalue为什么会出现NA小明的数据分析笔记本 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多5.2万 77 12:22 App R语言DESeq2包做转录组RNAseq差异表达分析的一个简单小例子 8841 1 20:45 App 差异分析(DEseq2) 11.1万 103 41:...
1.首先我用的是小洁老师用的转录组代码,但是这里面只有两个样本,所以采用小洁老师上课的代码行不通 后来我看附加文件中,已经将差异基因写成文本格式,发在附加文件下,我就直接下载了,将文件导入,输入列名,发现没有p.value值,但是有log2FC值,所以我想问一下能不能用Huvec_Co和Huvec_Expt计算出p.value。 这个是...
摘要I摘要漆树(Toxicodendronvernicifluum(Stokes)F.A.Barkl.)是新生代第三纪古老孑遗树种,雌雄同株或异株,变异类型多,在我国已有2000余年的栽培历史。漆树所产的生漆是一种水球形的乳浊液,其主要成分是漆酚(60%-70%)、漆酶(<1.0%)、漆多糖(5%-7%)、水分(20%-30%)等,生漆中成分占比最高的漆酚对漆膜性能...
Results 3 226 differentially expressed genes were identified(|log2FC|≥1,Q value<0.001). Compared with control group,711 up-regulated genes and 2 615 down-regulated genes were found inexperimental group. According to the enrichment analysis, the up- regulated genes are associated with skeletal...
nitidissimaLI Bo LIU He-Xia LIU Qin ZHOU Xing-Wen *(Guangxi Key Laboratory of Agricultural Resources Chemistry and Biotechnology,Yulin Normal University,Yulin 537000)Abstract Petal size was one of the main factors affecting the ornamental value of Camellia nitidissima,but itsformation mechanism was ...
通常通过两个参数进行DEGs的筛选,分别是LFC和Pvalue或者FDR。其中,LFC是两个样本一个基因表达量的差异倍数,Pvalue和FDR是两个常用的统计指标,用于评估基因表达的显著性差异。FDR提供了一个更加严格的显著性评估标准,它考虑了多重比较的影响。 调整影响FDR的因素: ...
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欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 留言讨论视频相关内容 公众号分享的内容包括1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关的转录组、基因组学文献阅读笔记;3、生物信息学入门相关知识,包括转录组学、群体基因组学等。4、目前也在学习宏基因组的相关知识,偶尔会推一些宏基因组的...