在差异基因表达分析中,FDR(错误发现率)和Pvalue都是用来评估统计显著性的指标,但它们在应用上有不同的优势和局限性。P值是指在原假设(通常是没有差异或效应)为真的情况下,观察到的数据或更极端数据出现的概率。FDR是指在所有声称显著的检验中,实际上不显著的检验的比例的期望值。 在实际应用中,通常推荐使用FDR...
R语言DESeq2包做转录组RNAseq差异表达分析的一个简单小例子(两个问题补充)~pvalue为什么会出现NA小明的数据分析笔记本 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 5.4万 79 12:22 App R语言DESeq2包做转录组RNAseq差异表达分析的一个简单小例子 9194 1 20:45 App 差异分析(DEseq2) 1.2万 4 02:...
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DESeq表中的Pvalue 值,GO_enrichment表中的corrected Pvalue是相同的,都是P值。因为派森诺转录组生物信息分析使用的是R语言包DESeq,通过对readcounts均一化后得到basemean,由basamean计算出P值。该软件在运行生成图文时,自动会给每个表格加title,因此会出现相同值出现了不同命名的情况。同样的,FDR和Padj也代表相同...
通常通过两个参数进行DEGs的筛选,分别是LFC和Pvalue或者FDR。其中,LFC是两个样本一个基因表达量的差异倍数,Pvalue和FDR是两个常用的统计指标,用于评估基因表达的显著性差异。FDR提供了一个更加严格的显著性评估标准,它考虑了多重比较的影响。 调整影响FDR的因素: ...
通常通过两个参数进行DEGs的筛选,分别是LFC和Pvalue或者FDR。其中,LFC是两个样本一个基因表达量的差异倍数,Pvalue和FDR是两个常用的统计指标,用于评估基因表达的显著性差异。FDR提供了一个更加严格的显著性评估标准,它考虑了多重比较的影响。 调整影响FDR的因素: ...
欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 留言讨论视频相关内容 公众号分享的内容包括1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关的转录组、基因组学文献阅读笔记;3、生物信息学入门相关知识,包括转录组学、群体基因组学等。4、目前也在学习宏基因组的相关知识,偶尔会推一些宏基因组的...
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