一篇文章教会你怎么玩转组学强强联合——转录组联合代谢组分析 原创 小微 A科研显微镜 关注我们 导读 近年来随着组学技术的快速发展,其成本越来越低,成为科研工作者发文章的利器。但是目前单一组学的文章很多,分析思路也大体相同。在这种环境下想突破重围发高分文章还是比较困难的。因此有些科研工作者就开始着手涉及多组...
作者通过转录组学和类靶向代谢组学对不同发育阶段的核桃果仁、果皮和外果皮样本进行了分析,发现了不同样本类型中次生代谢物积累的规律,并预测了与脂肪酸、棉籽糖和可溶性单宁生物合成相关的基因,并对其中7个基因进行了生物学功能验证,其中类...
5、转录组、代谢组和抗炎指数相关性分析 作者进一步通过对谷子籽粒灌浆中期转录本丰度、代谢物含量和抗炎指数之间的相关性分析,构建转录组、代谢组和抗炎特性之间的网络关系(图5)。在代谢-转录网络中共包含了9415对基因-代谢物,其中大多数基因来自与维生素B6和硫胺素代谢相关的“棕色”共表达模块(图5A)。利用套索回归...
2、代谢组:鉴定菌株在降解目标有机物时的中间产物,在对该有机物的生化反应有充分了解的基础上,可初步推测该菌株的生物降解途径; 3、基因组:一方面提供该菌株的基因组组装和注释信息,作为转录组分析的参考基因组;一方面也可与已知基因组的类似菌株联合进行比较基因组分析; 4、转录组:通过检测处理组(菌株+目标有机...
转录组代谢组联合分析 1/5 创建者:铁锅炖派蒙啊 收藏 【迈维代谢2021春季培训】第8讲:转录组+代谢组文章复盘-数据挖掘与高频作图分享 4192播放 【迈维课堂】转录组+代谢组数据挖掘之20组样本如何发MP——迈维代谢 2866播放 多组学联合分析的数据架构和研究思路 8448播放 第14期云课堂:转录组、蛋白组以及代谢...
“转录组+代谢组”的关联分析方案,发文量和影响因子居高不下,成为超热门之选!代谢物反映生物体的真实生理状态,其变化直接导致表型的变化。通过“转录+代谢”关联,可将基因表达的起始和终止联系起来,以此来探究两者之间的表达差异,从而挖掘在基因表达过程中潜在的重要调控机制。
RNA提取与qRT-PCR分析 5 RNA-seq和根部转录组分析 6 差异表达基因的功能注释 7 序列对比与拼接 8 根系分泌物提取和非靶向代谢分析 9 SWATH 数据采集与分析 10 根染色和组织学 结果 1 短柄草根对禾谷镰刀菌(Fg)WT(CS3005)和DON缺陷菌株(Tri5突变体)的感染反应不同 ...
2、代谢组:鉴定菌株在降解目标有机物时的中间产物,在对该有机物的生化反应有充分了解的基础上,可初步推测该菌株的生物降解途径; 3、基因组:一方面提供该菌株的基因组组装和注释信息,作为转录组分析的参考基因组;一方面也可与已知基因组的类似菌株联合进行比较基因组分析; ...
本研究通过对来自398份谷子材料的全基因组重测序数据、转录组、代谢组和抗炎指数的联合分析,发现了大量的影响次级代谢产物的常见变异。在不同的谷子亚群之间,存在着巨大的代谢物的自然变异及其潜在的遗传结构。对谷子黄粒相关基因等位基因的选择导致了代谢产物的改变,如类胡萝卜素和内源性植物激素,并利用CRISPR/Cas9对...
RNA提取与qRT-PCR分析 5 RNA-seq和根部转录组分析 6 差异表达基因的功能注释 7 序列对比与拼接 8 根系分泌物提取和非靶向代谢分析 9 SWATH 数据采集与分析 10 根染色和组织学 结果 1 短柄草根对禾谷镰刀菌(Fg)WT(CS3005)和DON缺陷菌株(Tri5突变体)的感染反应不同 ...