下面将分别介绍转录组和代谢组的相关内容。 一、转录组 转录组是指在特定条件下,生物体内全部或某一部分基因被转录成mRNA的总和。转录组研究的主要内容包括基因表达的定量和定性分析、基因功能的预测、转录调控机制的研究等。 1.基因表达的定量和定性分析 转录组研究可以通过高通量测序技术,如RNA-seq,对某一细胞或...
因此，乳酸菌代谢活性的抑制和潜在致病菌的脂肪酸代谢活跃是CSD组的重要特征，这可能是造成不良生殖能力的重要原因。为了验证基于序列的微生物活性表征并评估 CSD 和对照组之间宫颈代谢物的差异，在两组中鉴定了 34 种差异代谢物。代谢组学结果再次证实了我们基于微生物组数据发现的共现网络中的互斥关系，即乳酸杆菌的...
代谢组指生物样品（细胞、组织、体液或生物体等）中的一整套小分子化学物质。转录组是在特定细胞或组织类型中产生的全部mRNA分子或转录出的所有RNA，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA和非编码RNA。代谢组与转录组。代谢组学和转录组学的关系 代谢物是受内部和外部因素影响的生物体内基因转录的最终结果，可以直接反映生物...
2. 代谢组单组学分析 在代谢组检测结果中,会鉴定出两种模式的DEMs,分别是POS模式(图3.A)和NEG模式(图3.B)。分别对这两种模式下鉴定出的DEMs进行KEGG富集分析,结果显示,在POS模式下受到FOXO1显著影响的代谢途径主要包括脂质代谢、氨基酸代谢和核苷酸代谢(图3.C);在NEG模式下,受到影响的代谢途径主要是碳水化合物代...
一、转录组+代谢组联合分析 转录组和代谢组是两种重要的生物学研究方法，他们分别研究基因转录的mRNA水平和生物体内代谢产物的变化。转录组是研究功能基因的利器，主要是测定某一时期生物体在特定条件下基因的表达谱，即对RNA进行鉴定和定量，表达谱能反映机体的生理状态，如通过分析差别表达情况，去判定机体癌症相关的...
1、单细胞转录组与代谢组的关联思路 无论是单细胞转录组还是代谢组,往往都需要进行组间差异分析,因此将这两个组学进行关联的重点就是寻找差异。将差异基因与差异代谢物进行关联寻找到某个关键通路。通过这个关键通路进一步寻找到关键的细胞亚群、关键基因或关键代谢物,从而解释某种生物学现象就是这2种组学进行关联的最...
图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA图 注：图中每个点代表一个样本，不同的颜色表示不同的组别；...
WGCNA因可直接整合表达模式相似的基因或代谢物,不仅可构建基因-基因相似性网络,还可结合性状数据与基因相互组合,进而寻找复杂性状的主要影响因素(基因,模块)。正是因其可以结合性状数据,该方法为转录组-代谢组关联分析提供了基础。代谢物作为分子机制的下游,可直接解释表型差异的因素。在关联分析时,将目标代谢物的丰度...
转录组代谢组是一种由大量基因表达来探索基因-代谢组间联系的方法。它利用转录组为基础建立起表达数据集,并根据代谢组的改变量确定转录组的改变级别,根据聚类分析和相似性,确定不同代谢组特征。转录组代谢组中使用的数据类型包括RNA-seq数据,代谢组数据,蛋白质数据,合成酶和转运蛋白,以及外源调节因子,可以转录调控分析...
使用代谢组学来分析PCCB敲除是否降低了hFOs中的GABA水平,发现分别有27种和35种代谢物在PCCB-G1和PCCB-G2 hFO中有差异表达;其中9 个共有差异代谢物的变化方向一致。这 9 个共有差异代谢物显著性富集在febrile seizures、GABA-transaminase deficiency和spinocerebellar degeneration等代谢通路中。9 个共有差异代谢物与...