motif是一段重复出现在基因序列上的一段片段,通常具有高度重复的碱基序列,是转录因子或者DNA结合蛋白识别并结合的锚定点,就像之前说的,一个DNA结合蛋白可能对应多个motif,motif也会对应多个蛋白,但是大体上结合的信息,通过现在高通量的计算方式,是可以找到规律的,而JASPAR正是收录了这些信息。 JASPAR是一个免费公开的转...
JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库,在该数据库中收录了转录因子的mitif信息,可以用来预测转录因子与序列的结合区域。网址如下 http://jaspar.genereg.net/ 在该数据库中,提供了以下9种不同来源和类别的转录因子信息 1. JASPAR CORE 该类别下都是从文献中收集的,有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息,而...
每个motif编号以MA开头,示意如下 2. Collection CNE 该数据集包含了233个调控人类非编码基因的转录因子motif信息,是根据Xie et al. (PNAS 2007)文章中的数据收集整理的,编号以CN开头,示意如下 3. Collection FAM 该类别下保存的是转录因子的类别class信息,多个转录因子可以拥有相同的...
motif是一段重复出现在基因序列上的一段片段,通常具有高度重复的碱基序列,是转录因子或者DNA结合蛋白识别并结合的锚定点,就像之前说的,一个DNA结合蛋白可能对应多个motif,motif也会对应多个蛋白,但是大体上结合的信息,通过现在高通量的计算方式,是可以找到规律的,而JASPAR正是收录了这些信息。 JASPAR是一个免费公开的转...
Collection SPLICE包含的是human剪切位点的motif序列,数据量很小,一共只有6个motif, motif编号以SA开头。 JASPAR子数据库概览 这九个数据库面,当属 JASPAR CORE 数据库最高质量,非冗余最好的转录因子数据库,包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物,线虫,昆虫,真菌和植物,...
在JASPAR数据库中，用户还可以通过多个工具进行深入分析。例如，用户可以使用Profile inference工具输入转录因子序列，获取相关的motif信息。Martrix Align工具则可以帮助预测motif信息，查询其相近的motif。此外，数据库还提供了下载功能，用户可以下载motif对应的PFM矩阵等信息。总的来说，JASPAR数据库为转录因子...
motif是一段重复出现在基因序列上的一段片段,通常具有高度重复的碱基序列,是转录因子或者DNA结合蛋白识别并结合的锚定点,就像之前说的,一个DNA结合蛋白可能对应多个motif,motif也会对应多个蛋白,但是大体上结合的信息,通过现在高通量的计算方式,是可以找到规律的,而JASPAR正是收录了这些信息。
该类别下都是从文献中收集的,有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息,而且经过了人工核对,是一个非冗余的,高质量的转录因子motif数据库,所以也是整个数据库中的核心。 由于其高质量量,非冗余等特性,通常情况下,该类别信息都是我们的第一选择。每个motif编号以MA开头,示意如下 ...
详情请戳:JASPAR:转录因子motif数据库 No.6 footprintDB http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php footprintDB是一个转录因子综合数据库,收录了8754个去冗余的转录因子,整合了JASPAR在内的9个数据库的9350个转录因子、13682个DNA motifs和35058个DNA结合位点数据,存储了transcription factors, DNA moti...
目前footprintDB收录了史上最全物种的转录因子和motif,每月更新。 http://floresta.eead.csic.es/footprintdb 包含8600个转录因子、12700个motif和27300个DNA binding sites。 包括所有物种,还单独列出了后生动物(果蝇、线虫等)和植物; 这么多数据库,统统收录进来。