确认基因集合中的转录因子,TF 基于转录因子的 Binding Motif 检索基因集合启动子区域是否存在 Binding Sites 逻辑上,我们可以通过这类相互调控关系,构建一个初步的基因间转录调控网络,结合差异表达或者共表达网络分析,或许能让我们得到更多信息。至于操作,使用 TBtools 分析来做则确实简单。 安装插件 为了完成上述分析,我...
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随后,提取目标基因集合的启动子区域序列 使用Fimo 构建基因调控网络 使用上述文件,一切搞定 运行后很快就可以看到结果 可以看到 Alt ID 对应的似乎 TF,Sequence Name 对应的是启动子上有对应 TF binding motifs 的基因。 如此,我们就得到了大规模的基因调控关系文本预测结果。事实上,如果你再结合共表达,结果真的没话...
随后,提取目标基因集合的启动子区域序列 使用Fimo 构建基因调控网络 使用上述文件,一切搞定 运行后很快就可以看到结果 可以看到 Alt ID 对应的似乎 TF,Sequence Name 对应的是启动子上有对应 TF binding motifs 的基因。 如此,我们就得到了大规模的基因调控关系文本预测结果。事实上,如果你再结合共表达,结果真的没话...
直接入手生物信息学而不是从Python学起。Python是编程语言，它是工具，它可以做任何事情，而不仅仅是生物...
但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完...
基于转录因子的 Binding Motif 检索基因集合启动子区域是否存在 Binding Sites 逻辑上,我们可以通过这类相互调控关系,构建一个初步的基因间转录调控网络,结合差异表达或者共表达网络分析,或许能让我们得到更多信息。至于操作,使用 TBtools 分析来做则确实简单。
简单来说,如果我得到一堆差异表达基因,我想知道其中哪些 TF 可能结合到另外一些基因的启动子区域;或者我有一个WGCNA分析得到的基因共表达网络,在这种情况下,如果有转录因子成员结合到另外成员的启动子区域,那么我们就有更大的把握他们存在调控和被调控关系的可能性不会太低。剩下的当然就是实验验证。为了完成这个...
无论是基础文章中的分子、机制、表型的筛选，还是和临床研究结合，用高通量数据构建临床变量的预测模型，...
基于转录因子的 Binding Motif 检索基因集合启动子区域是否存在 Binding Sites 逻辑上,我们可以通过这类相互调控关系,构建一个初步的基因间转录调控网络,结合差异表达或者共表达网络分析,或许能让我们得到更多信息。至于操作,使用 TBtools 分析来做则确实简单。