1,将数据导入Cytoscape 2, 对导入的基因list 进行设置,避免第一行基因默认为题头 3,选择source node 并点击确定 4,导入后数据如下 5,全部选中后进行分析 6,选择对应的物种 7,结果会在右侧显示出来 8,可视化调整 参考致谢: Liulab Workshop(33) 用iRegulon进行主转录因子的预测_哔哩哔哩_bilibili ...
【姐妹篇:HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测 | motif富集分析】 目的:假设你有一个感兴趣的TF,且这个TF的DNA binding motif已知,那么就可以预测这个TF的motif在其target gene的promoter(TSS附近)的富集信息。【需结合表观数据使用】 主流的motif数据库 ...
-S <#>自定义找到的motif数量,默认为25,一般只建议减少不建议增加; -bg <file>可自定义背景序列信息,无定义时HOMER将自动选取。如进行基因组分析,将从整个基因组序列抓取GC含量一致的序列作为背景序列。若进行的是promoter分析,则将所有的promoter作为背景。 结果解读 findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl运行后输出结...
转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对。 换个思路,如果做富集分析,那就稳了,给定一个指定的区域(promoter...
转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一个新的领域,现在我关注的是可变剪切调控因子,如PTBP1,它们有特定的RNA结合motif,类似TF。 相同点: 都是蛋白质的序列结合区域 有特定的序列motif 不同点: TF的motif主要结合在promoter和enhancer,负责基因转录 ...
Cytoscape软件的Iregulon插件应该可以完成转录因子预测分析，你试试
SPL转录因子广泛参与植物生长发育、胁迫响应等过程。目前,没有关于铁皮石斛SPL膜结合(SPL with transmembrane motif)转录因子即STM转录因子的研究。为了探究STM转录因子在铁皮石斛生长发育及胁迫响应等方面的作用,该文在铁皮石斛全基因组水平鉴定出4个STM转录因子,并对DoSTM基因家族成员进行生物信息学分析,又利用逆转录PCR...
转录因⼦motifTSS区域富集分析motifenrichmentHOMERFIMOMEME 【姐妹篇：】⽬的：假设你有⼀个感兴趣的TF，且这个TF的DNA binding motif已知，那么就可以预测这个TF的motif在其target gene的promoter（TSS附近）的富集信息。【需结合表观数据使⽤】主流的motif数据库 - SCENIC使⽤的 ® 7.0 Public 2005 and...
28982 转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 2019-12-08 18:27 −2024年04月30日 conda install bioconda::meme # https://jaspar.elixir.no/matrix/MA0077.1/ fimo --alpha 1 --max-strand -oc target --thresh 1 --no-qva... ...
使用已知序列(fasta文件)进行motif分析 ChIP分析等 HOMER软件安装 个人感觉,建议以官方文档为基础,勿过度依赖conda!!! 仔细阅读报错信息 + 善用百度/Google可以解决绝大部分问题。 官网安装指导:http://homer.ucsd.edu/homer/introduction/install.html 电脑系统配置要求硬件要求:Unix-style操作系统(UNIX/LINUX/Mac/Cygw...