转录因子(Transcription factor, TF):是一类序列特异性DNA结合蛋白,能够结合在靶基因上游的转录因子结合位点序列(Transcription factor binding site, TFBS),参与调控基因转录过程。 1.2、特征 1)结构特征:至少含有一个DNA结合结构域(DNA binding domain, DBD),用以识别和结合靶基因上游TFBS序列;含有多个转录效应结构,用...
第一步,获取靶基因的基因的启动子系列。打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),下拉选择Gene,输入目的基因(以MYC为例,Homo sapiens),点击search 点击FASTA。 默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。 第二步,通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。 第三步,通过Uniport网站获取候选转...
第一步,获取靶基因的基因的启动子系列。打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),下拉选择Gene,输入目的基因(以MYC为例,Homo sapiens),点击search 点击FASTA。 默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。 第二步,通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。 第三步,通过Uniport网站获取候选转...
第一步，获取靶基因的基因的启动子系列。打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），下拉选择Gene，输入目的基因（以MYC为例,Homo sapiens），点击search 点击FASTA。默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。第二步，通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。第三步，通过Uniport网站获取候选...
第一步,获取靶基因的基因的启动子系列。打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),下拉选择Gene,输入目的基因(以MYC为例,Homo sapiens),点击search 点击FASTA。 默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。 第二步,通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。
总结来说,JASPAR可以查找转录因子的详细信息,也可以预测靶基因的转录因子结合位点。对于组学数据分析中找到目标靶基因又想去找转录因子的,这个数据库是一个非常好的方案。 参考文献: Fornes O , Castro-Mondragon J A , Khan A ,et al.JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor...
对于转录因子而言,我们最想知道的信息就是其对应的靶基因。转录因子相关数据库非常的多,有些数据库直接提供了靶基因的信息,比如TRANSFAC, 有些数据库只提供了motif的信息,比如JASPAR, 我们只能通过软件预测在基因的启动子序列上是否有对应的motif, 从而识别转录因子的靶基因。本视频主要分享了几个常用的转录因子预测...
5.预测靶基因启动子区域可能的转录因子 该方法与上述方法类似,只是在上述方法中有具体的转录因子,而这该研究中没有固定的转录因子。以拟南芥为例,直接选择拟南芥物种后,对分类,家族等信息不做要求,总共有1129条转录因子,将所有转录因子选中,点击我们直接把上述7中第一步的检索替换成物种是人,然后选中所有900多个转录...
还记得先前提到的基因转录调控数据库“转录因子靶基因预测,不用到处搜了,都在这了”(Gene Transcription Regulation Database,GTRD)吗?由俄罗斯学者整理,在SRA、ENCODE、GEO等资源库收集公共的ChIP-seq试验并鉴定转录因子结合位点,提供了公开数据下载。 1 GTRD数据库简介 ...
根据转录因子预测靶基因以上4个步骤为无参物种预测靶基因的方法如果是数据库中有收录的物种可以直接根据tf的id号进行search找到tf的靶基因哦 根据转录因子预测靶基因 一般来说转录因子预测靶基因有4个步骤: 以上4个步骤为无参物种预测靶基因的方法,如果是数据库中有收录的物种,可以直接根据TF的ID号进行search找到TF...