转录因子(Transcription factor, TF):是一类序列特异性DNA结合蛋白,能够结合在靶基因上游的转录因子结合位点序列(Transcription factor binding site, TFBS),参与调控基因转录过程。 1.2、特征 1)结构特征:至少含有一个DNA结合结构域(DNA binding domain, DBD),用以识别和结合靶基因上游TFBS序列;含有多个转录效应结构,用...
5.预测靶基因启动子区域可能的转录因子 该方法与上述方法类似,只是在上述方法中有具体的转录因子,而这该研究中没有固定的转录因子。以拟南芥为例,直接选择拟南芥物种后,对分类,家族等信息不做要求,总共有1129条转录因子,将所有转录因子选中,点击我们直接把上述7中第一步的检索替换成物种是人,然后选中所有900多个转录...
5.预测靶基因启动子区域可能的转录因子 该方法与上述方法类似,只是在上述方法中有具体的转录因子,而这该研究中没有固定的转录因子。以拟南芥为例,直接选择拟南芥物种后,对分类,家族等信息不做要求,总共有1129条转录因子,将所有转录因子选中,点击我们直接把上述7中第一步的检索替换成物种是人,然后选中所有900多个转录...
第一步,获取靶基因的基因的启动子系列。打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),下拉选择Gene,输入目的基因(以MYC为例,Homo sapiens),点击search 点击FASTA。 默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。 第二步,通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。 第三步,通过Uniport网站获取候选转...
5.预测靶基因启动子区域可能的转录因子 该方法与上述方法类似,只是在上述方法中有具体的转录因子,而这该研究中没有固定的转录因子。以拟南芥为例,直接选择拟南芥物种后,对分类,家族等信息不做要求,总共有1129条转录因子,将所有转录因子选中,点击我们直接把上述7中第一步的检索替换成物种是人,然后选中所有900多个转录...
第一步,获取靶基因的基因的启动子系列。打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),下拉选择Gene,输入目的基因(以MYC为例,Homo sapiens),点击search 点击FASTA。 默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。 第二步,通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。
第一步，获取靶基因的基因的启动子系列。打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），下拉选择Gene，输入目的基因（以MYC为例,Homo sapiens），点击search 点击FASTA。默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。第二步，通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。第三步，通过Uniport网站获取候选...
对于转录因子而言,我们最想知道的信息就是其对应的靶基因。转录因子相关数据库非常的多,有些数据库直接提供了靶基因的信息,比如TRANSFAC, 有些数据库只提供了motif的信息,比如JASPAR, 我们只能通过软件预测在基因的启动子序列上是否有对应的motif, 从而识别转录因子的靶基因。本视频主要分享了几个常用的转录因子预测...
还记得先前提到的基因转录调控数据库“转录因子靶基因预测,不用到处搜了,都在这了”(Gene Transcription Regulation Database,GTRD)吗?由俄罗斯学者整理,在SRA、ENCODE、GEO等资源库收集公共的ChIP-seq试验并鉴定转录因子结合位点,提供了公开数据下载。 1 GTRD数据库简介 ...
近日,南京农业大学研究人员在Plant Physiology发表了题为“RiceTFtarget: A Rice Transcription Factor-Target Prediction Server Based on Co-expression and Machine Learning”的研究论文,开发了一个水稻转录因子靶基因预测工具RiceTFtarget。 RiceTFtarget是一个基于基因共表达、模式匹配和机器学习的预测转录因子和靶基因...