NAC转录因子 Fv的关键调节因子,作者通过DARIF被认为是草莓果实成熟P-seq和RNA-seq得到FvRIF调控草莓花青素生物合成途径中的关键基因、参与果实软化的核心基因、参与果实成熟的TF基因;并通过ChIP-qPCR、EMSA、RT-qPCR进行了验证。还利用CO-IP、酵母双杂以及双荧光素酶验证FvRIF与与 FvMAPK6互作,并且通过LC-MS等实验...
如果输入的基因不是转录因子,则只会输出调控该基因的转录因子。 本次以BRCA1基因(实际使用请替换成自己感兴趣的基因)、物种选人,作为演示,搜索返回结果会显示:该基因是否可以作为转录因子,Targets and Regulators、Other TFs that share targets with BRCA1、 Diseases / Pathways associated with BRCA1内容,如下: Ta...
作者观察到WT1被转录激活,其调控网络在MPAL细胞中变得更加复杂(图5a);据报道,在新预测的与WT1相互作用的94个TF中,有17个与白血病有关。第二种模式,网络规模单独变化。作者观察到CEBPG没有显着的转录减少,而其抑制因子CEBPA大多增加,而CEBPG的TRN经历了剧烈的收缩,32个CEBPG互作从PBMCs到MPAL细胞消失(图5b)。在...
由MOF,RUNX1和GFI1B组成的调控网络对于红系命运至关重要。GFI1B充当Mof激活剂,它的表达对于特异性细胞诱导Mof表达是必需和定量的。Mof耗尽HSCs的可塑性可以通过下游效应Gata1的表达或通过组蛋白去乙酰基酶抑制剂的重塑乙酰化平衡来挽救。Mof表达的准确时机和剂量可充当前馈转录因子网络的变阻剂,从而保证沿红系命运的...
小鼠早期胚胎发育过程中以TFAP2C为核心的代谢、表观印记和遗传信息三元调控模型 综上所述,这项研究工作不仅刻画了转录因子TFAP2C的全基因组结合图谱,鉴定并验证了其下游转录因子TEAD4和KLF5, 还从代谢、表观印记和基因组突变三个不同角度...
生成由转录因子主导的基因调控网络(gene regulation network,GRNs) 过滤网络内的假阳性靶点 Regulon活性分析 1、共表达识别TF基因调控网络(GENIE3) SCENIE 基于GRNBoost(由于R语言中好像没有GRNBoost算法框架,所以R版本的SCENIC使用了随机森林分类器,本质都是集成决策树模型),以 TF转录因子在样本的表达建立分类模型,从...
如果想做植物的转录因子调控网络,我们可能会有以下问题。 1:如何利用有限的叶片原生质体材料获得高质量的TF ChIP-seq数据? 2:如何生成可信的无标度转录调控网络图? 3:整体网络和局部网络的关系,以及如何根据局部网络模块- 化确定潜在的调控因子功能? 4:TF 共结合有什么作用?
基因调控网络是指由转录因子和其调控的目标基因所构成的复杂网络。基因调控网络的建立是一个动态的过程,包括以下几个关键步骤。 1.转录因子的鉴定:通过实验手段和分析方法,鉴定和筛选具有转录调控作用的转录因子。这些转录因子可能通过不同方式调控目标基因,通过研究这些转录因子的功能和相互作用关系,可以初步揭示基因调控...
阳性比如说transfac数据库对转录因子的预测是基于bindsites的预测bindsites位于gene的调控区内是很短的一段序列与转录因子结合调控基因转录由于bindsites本身太短所以特异性较差预测出来的结果可能很多都是假阳性的所以我们要通过进一步的筛选比如文章中用的基因表达的相关性分析网络拓扑结构分析等等来降低假阳性率最后再通过...