这些观察结果表明,GmARF16是miR160a的一个靶点,其表达受到miR160a的调控。器官表达图谱分析和亚细胞定位分析结果表明GmARF16编码一个核定位的转录因子。 3. GmARF16对大豆的耐盐性有负向影响 研究构建了GmARF16的突变体,表型数据表明GmARF16是大豆耐盐性的负调控因子,可作为提高耐盐性工程策略的靶点。 4. 盐...
对于利用单细胞测序的数据来进行调控网络的构建主要还是通过SCENIC流程来进行构建的(具体的参考文献可见:https://www.nature.com/articles/nmeth.4463)。通过SCENIC流程,我们可以在单细胞测序当中预测到哪些转录因子调控哪些基因。为了进一步说明调控的准确性,作者又通过纳入RNA-seq来进行共表达分析。观察转录因子和基因之间...
1、共表达识别TF基因调控网络(GENIE3) SCENIE 基于GRNBoost(由于R语言中好像没有GRNBoost算法框架,所以R版本的SCENIC使用了随机森林分类器,本质都是集成决策树模型),以 TF转录因子在样本的表达建立分类模型,从而搜索与 TF基因 协同变化的基因来确定潜在靶标基因(转录因子的潜在共表达网络)。每个网络包含一个转录因子...
1、共表达识别TF基因调控网络(GENIE3) SCENIE 基于GRNBoost(由于R语言中好像没有GRNBoost算法框架,所以R版本的SCENIC使用了随机森林分类器,本质都是集成决策树模型),以 TF转录因子在样本的表达建立分类模型,从而搜索与 TF基因 协同变化的基因来确定潜在靶标基因(转录因子的潜在共表达网络)。每个网络包含一个转录因子...
因此基于基因调控网络(GRNs)的理念被提出,即通过比较某一转录因子上下游基因的表达情况来反推该转录因子的活性。SCENIC作为单细胞转录因子分析的代表软件近些年被广泛使用,但是它使用起来十分笨重,而且可分析的内容有限,因此目前急需新一代的单细胞转录因子分析软件。
作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA...
转录因子可以结合在基因上游特异的核苷酸序列上,以此调控基因的表达。基因转录调控网络描述转录因子及其调控的基因之间的关系。理论上,基因调控网络包含所有可能发生的基因调控关系和实现某种生物学功能的不同调控关系的组合机制。通过手工注释和高通量实验获得的基因调控关...
因此基于基因调控网络(GRNs)的理念被提出,即通过比较某一转录因子上下游基因的表达情况来反推该转录因子的活性。SCENIC作为单细胞转录因子分析的代表软件近些年被广泛使用,但是它使用起来十分笨重,而且可分析的内容有限,因此目前急需新一代的单细胞转录因子分析软件。 今天,Immugent就来介绍一款轻便的基于单细胞数据进行...
2.前10位转录因子的转录因子基因鉴定及调控网络构建 为了确定与糖尿病肾小管间质损伤相关的转录因子基因,使用了DAVID上的UCSC_TFBS在线工具来识别调控DEGs的转录因子基因。(ps:想学在线工具如何使用的可以来找光宝,多种生信工具包帮助快速发文~直接在后台敲光宝就可以!)如图2a所示,共有38个转录因子基因与糖尿病肾小...
Bind Sites位于Gene的调控区内,是很短的一段序列,与转录因子结合,调控基因转录,由于Bind Sites本身太短,所以特异性较差,预测出来的结果可能很多都是假阳性的,所以我们要通过进一步的筛选,比如文章中用的基因表达的相关性分析,网络拓扑结构分析等等来降低假阳性率,最后再通过生存分析验证,让整个文章的结果有理有据让人...