增强子作为其中的顺式（cis-）调节元件控制基因的时空表达；增强子上包含许多供序列特异性转录因子和共活化因子结合的位点，当反式（trans-）作用因子在这里形成静态活化复合体（static activator complexes）时，转录得以实施。
其中EPAS1 (directAnnotation)这个基因命中了两个转录因子: hocomoco__EPAS1_HUMAN.H11MO.0.B homer__GCACGTACCC_HIF2a 可以去前面的数据框查询看看,首先在RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc,16万行数据信息里面可以找寻到这两个转录因子。 然后是在motifRankings查看: motifs=unlist(as.data.frame(motifRankin...
可以看到,NES概念大家都不陌生了,就是GSEA分析的结果而已,AUC的概念比较新颖。 其中EPAS1 (directAnnotation)这个基因命中了两个转录因子: hocomoco__EPAS1_HUMAN.H11MO.0.B homer__GCACGTACCC_HIF2a 可以去前面的数据框查询看看,首先在RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc,16万行数据信息里面可以找寻到这两个...
可以看到,NES概念大家都不陌生了,就是GSEA分析的结果而已,AUC的概念比较新颖。 其中EPAS1 (directAnnotation)这个基因命中了两个转录因子: 代码语言:javascript 复制 hocomoco__EPAS1_HUMAN.H11MO.0.Bhomer__GCACGTACCC_HIF2a 可以去前面的数据框查询看看,首先在RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc,16万行数据信...
基因集的转录因子富集分析 一般来说,大家拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数据库,或者走gsea/gsva这样的富集分析,也是注释生物学功能数据库。 大家读我的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文应该是够多了:...
基因集的转录因子富集 为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢 library("RcisTarget")# 官网的genelistgeneList1<-read.table(file.path(system.file('examples',package='RcisTarget'),"hypoxiaGeneSet.txt"),stringsAsFactors=FALSE)[,1]geneLists<-list(hypoxia=geneList1)geneLists#motifAnnotations_hgnc里面...
1.差异表达基因(DEGs)、差异表达免疫相关基因(DEIRGs)和差异表达转录因子(DETFs)和GSEA分析 分析GEO数据集得到DEGs,从ImmPort数据库中下载2483个免疫相关基因(IRGs)。然后将IRGs与DEGs取交集得到278个DEIRGs。再从Cistrome数据库下载1560个转录因子(TFs)基因,将TFs与DEGs取交集,得到348个DETFs。
11、特征。 结果与结论:核心转录因子靶基因集形成更多的蛋白互作对,最大连续蛋白网络与随机蛋白网络相比具有明显的统计学差异,且核心转录因子靶基因集形成更大的互作网络。网络具有复杂网络无标度特性。该研究通过蛋白互作网络分析证明:靶基因集通过紧密相互作用,形成网络模块方式协调调控胚胎干细胞分子特性。 关键词:胚胎...
也可见下图但是第二个——基因组中各转录因子结合位点信息列表(bed文件)我没下下来(本次操作不需要)利用基因组中各基因位置 信息列表(bed文件)和我的差异基因集文本文件,通过R合成一个ToolkitforCistromeDataBrowser要 求的bed文件——差异基因的基因位置BED文件(up172txt李同学帮助)。也可以通过EXCEL的VLOOKUP操作实现...
文章在dCas9系统的基础上,通过开发名为化学表观遗传修饰因子(CEM)的小分子,可实现内源性转录调控因子的定向富集,从而实现靶基因的激活。文章证实dCas9-CEM系统对基因表达的激活调控呈现出剂量效应,且调控可逆并高度特异。该系统对基因功能和疾病治疗研究,特别是表型与基因剂量的相关性研究有重要意义。