这节内容我们说说差异基因的筛选及个性化作图。单细胞转录组差异基因的鉴定原理类似于普通转录组,只不过是样品数增加了,也就是一个细胞代表一个样品。关于单细胞转录组差异基因分析方法的选择可以参考:http://www.360doc.com/content/21/0714/12/76149697_986499764.shtml。我们这里使用Seurat默认的方法,重点是结果的可...
第一次接触基因评分是在一篇文章中,也不知道这样的叫法对不对,作者选定了几个炎症基因,利用seurat包的一个打分函数AddModuleScore,依据基因的平均表达水平进行分析,最后得到的score称为炎症分数,其实这样的叫法有点欠缺,但是有这样的做法。(演示数据没有意义) 选择基因进行计算。 DefaultAssay(immune) <-"RNA"cd_feat...
这里我们以小鼠为示例,也是常见物种的GSVA分析,结合单细胞的数据!GSVA其实就是对功能富集的量化,然后进行差异分析,寻找感兴趣的通路在样本中的变化。不同于常规的GO、KEGG受差异基因阈值的影响,GSEA受实验分组的影响,GSVA能够对通路量化,看感兴趣通路在多组之间的变化! 首先加载和安装必要的包并加载单细胞数据。 libr...
第一次接触基因评分是在一篇文章中,也不知道这样的叫法对不对,作者选定了几个炎症基因,利用seurat包的一个打分函数AddModuleScore,依据基因的平均表达水平进行分析,最后得到的score称为炎症分数,其实这样的叫法有点欠缺,但是有这样的做法。(演示数据没有意义) 选择基因进行计算。 DefaultAssay(immune) <- "RNA" cd_...
这里我们以小鼠为示例,也是常见物种的GSVA分析,结合单细胞的数据!GSVA其实就是对功能富集的量化,然后进行差异分析,寻找感兴趣的通路在样本中的变化。不同于常规的GO、KEGG受差异基因阈值的影响,GSEA受实验分组的影响,GSVA能够对通路量化,看感兴趣通路在多组之间的变化!
(三):单细胞转录组数据质控(QC) 及合并去除批次效应 o 跟着 Cell 学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序 UMAP 降 维聚类 o 跟着 Cell 学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组 marker 基因鉴 定及细胞群注释 前面几期主要说了下每个阶段出现图的个性化修饰,后面依然如 此,有需要值得单拎出来说的,我们...
单细胞文件形式各式各样,但是最终分析需要的目的文件是一个矩阵,行位基因,列为细胞。这里我们介绍几种常见的文件形式,将他们读入R,并构建可以后续处理的Seurat对象。 1、10X单细胞测序文件 这应该是最常见的,一般10X下机。经过前期处理后,我们拿到手的可有用于后续分析的文件包含三个,第一个是barcode文件,一个是ge...
接上节(跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建)。 构建完Seurat对象之后,我们还需对数据进行一些列的质控,参能进行降维聚类分析,QC对于后续的分析影响还是比较大的,所以要重视。 一般下游分析QC包含: 细胞基因检出数,低质量细胞基因检出数通常较低,双细胞或者同时捕获多个细胞会...
分析单细胞转录组测序的软件和方法有很多,最流行的莫过于Seurat包,可以完成单细胞分析整个流程,我们整个教程也是基于R语言Seurat包来实现的,所以首先安装包: 单细胞文...
跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建 跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控(QC)及合并去除批次效应 跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类 跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释 ...