它不仅可以校正实验的批次效应,还能跨平台整合数据,例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起;也能整合单细胞多组学数据,例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转录组数据整合在一起。本文只讨论多样本数据的合并与校正批次效应,多组学数据的整合以后专门写篇文章介绍。 Seurat整合流程与原理 1、...
它不仅可以校正实验的批次效应,还能跨平台整合数据,例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起;也能整合单细胞多组学数据,例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转录组数据整合在一起。本文只讨论多样本数据的合并与校正批次效应,多组学数据的整合以后专门写篇文章介绍。Seurat整合流程与原理 1、使...
rm(list=ls())options(stringsAsFactors=FALSE)Sys.setenv(language='en')#===多样本合并与批次校正===#library(Seurat)library(tidyverse)library(patchwork)dir.create('cluster1')dir.create('cluster2')dir.create('cluster3')set.seed(123)#设置随机数种子,使结果可重复##==合并数据集==## 使用目录向量...