这个区域适合捕捉远程调控元件的影响,这些元件可能通过染色质环的方式与TSS区域接触,从而调控基因表达。 远程调控:有些基因的表达受到远距离调控元件(如增强子)的显著影响,这些调控元件通常位于TSS附近的几千到数万碱基对之内。 全面调控分析:为了更全面地了解基因调控网络,研究者可以使用较大范围的上下游区域(如TSS+/-...
概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因之间的作用。 GRN是生物体内控制基因表达的机制,基因表达的主要过程是转录+翻译 GRN构建方法:多数方法使用静态数据来分析基因网络,如基因表达矩阵...
这种方法大幅减少了需要考虑的相互作用数量,并将无向相互作用转化为有向连接,进而引入潜在的因果关系,使得调控网络的推断更加精准。 3.1.3 单纯依赖转录组数据的局限 假阳性结果:仅从转录组推断调控网络可能会引入较多的假阳性 忽略染色质可接触性等关键调控机制:在基因调控过程中,染色质的开放状态以及其它调控机制无法...
一文了解单细胞基因调控网络(GRN) 原创ahworldseqyuan3月13日 来自专辑 单细胞 基因调控网络(GRN)决定并维持cell-type-specific的转录状态,这反过来又构成了细胞形态和功能的基础。每种细胞类型或稳定状态均由一组特异的转录因子与其靶标基因组合构成,在这个组合中活跃的转录因子(TFs)与基因组中的一组顺式调节区域相...
细胞通讯遍布人体各处,构成了复杂的调控网络。这些信号交互方式主要有邻接型和扩散型的信号传递方式。 邻接型的传递有我们所熟知的神经信号传递和抗原呈递。这种信号传递方式的特点是信号传递局限在两个存在典型关联关系的细胞之间。例如膜蛋白的配体-受体直接结合将信息从一个细胞传递到另一个细胞。
1、探索特殊的细胞类型和状态的调控网络,比如怎么维持不同细胞亚群的“身份”; 2、探索细胞的随着时间连续的变化,在这种连续变化的过程中,转录因子调控网络会发生什么变化; 3、探索在不同的情况下,转录调控网络是怎么变化的,比如健康人和病人。 分析前文件准备 ...
本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因之间的作用。
近日，山西大学智能信息处理研究所团队用图调控网络实现高性能点云分割，相关成果以“Graph Regulation Network for Point Cloud Segmentation”为题于5月13日被人工智能领域国际顶级期刊IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence（IEEE TPAMI，影响因子：23.6）在线发表。该论文第一作者为山西大学2021...
基因调控网络(GRN)决定并维持cell-type-specific的转录状态,这反过来又构成了细胞形态和功能的基础。每种细胞类型或稳定状态均由一组特异的转录因子与其靶标基因组合构成,在这个组合中活跃的转录因子(TFs)与基因组中的一组顺式调节区域相互作用并与染色质结构相互作用,从而产生特定的基因表达谱。