基因启动子顺式元件分析是研究基因表达调控的重要手段之一。 基因启动子(promoter)是位于基因上游的一段DNA序列,负责调控基因的转录。启动子中包含许多特定的DNA序列,这些序列可以被特定的转录因子识别并结合,从而影响基因的表达。这些特定序列就是顺式作用元件(cis-regulatory elements,简称顺式元件)。 具体同源基因分析...
基因调控元件是指在基因组中起调控作用的DNA区域,包括启动子、增强子和抑制子等。识别和功能分析基因调控元件对于理解基因调控网络的功能和调控模式具有重要意义。本文将介绍基因调控元件的识别方法和功能分析技术。 一、基因调控元件的识别方法 基因调控元件的识别方法主要分为实验方法和计算方法两类。 实验方法: 1.电泳...
1.基因调控元件的结构 基因调控元件包括启动子、增强子、终止子、辅助序列和转录因子结合位点等多种序列类型。其中,启动子(Promoter)是控制基因转录启动的主要调控区域。同一基因的启动子通常位于转录起始点的上游区域,长度通常在几百个碱基对左右,是基因表达调控中最常见和最重要的调控元件之一。增强子(Enhancer)是一类远...
基因调控元件(regulatory elements)是一类不编码蛋白质的DNA序列,但是它们在调控基因转录水平和表达模式方面起着至关重要的作用。因此,关于基因调控元件的鉴定和功能分析已经成为生命科学领域的热点研究之一。 1.基因调控元件的种类和鉴定方法 基因调控元件包括启动子(promoter)、增强子(enhancer)、抑制子(silencer)和增强型...
首先,为了分析基因调控元件,我们需要获取大量的生物数据。公共数据库如NCBI、EBI、CCRP等提供了大量的生物数据资源,包括基因组、转录组、表观基因组等。这些数据是我们分析基因调控元件所必需的基础。 在获取数据后,我们需要对这些大数据进行整理和处理。首先,我们应该筛选出与调控相关的数据,比如转录因子结合位点、染色质...
顺式调控元件(CRE)对于协调不同生物系统中的基因表达至关重要。功能性 CRE 的准确识别和深入表征对于解码细胞过程中的基因调控网络至关重要。在本研究中,开发了酮醛酸辅助单链 DNA 转座酶可及染色质测序分析 (KAS-ATAC-seq),以定量分析CRE 的转录活性。 KAS-ATAC-seq 的主要优势在于其精确测量近端和远端 ATAC...
本文将从基本概念入手,介绍转录因子和转录调控元件的意义及其识别方法,并探讨它们在基因表达和细胞信号转导中的功能分析。 一、转录因子和转录调控元件的基本概念 转录因子是一类能够与DNA片段结合并调控基因表达的蛋白质,其主要作用是在RNA聚合酶进入启动位点前结合DNA并调节基因的转录。转录因子可以通过既定的DNA序列与...
该文分析并整合了已发表大白猪肌肉和脂肪组织的表观多组学数据,识别了miRNA的功能顺式调控元件,为理解猪肌肉和脂肪中miRNA调节的分子机制提供了理论依据。影子基因为本项目表观多组学分析工作提供了资源支持。 01研究背景 miRNA通过调控下游靶基因在猪骨骼肌和脂肪组织的生长发育、能量代谢过程中发挥着至关重要的作用;...
大量的研究表明,基因组序列中的顺式调控元件是基因的调节中不可或缺的组成部分,并且这些顺式调控元件具有很高的保守性。 二、研究目的 本文旨在通过研究基因组序列特征及顺式调控元件保守性分析,探究以下问题: 1.研究基因组序列中各类特征的分布情况及与基因的调控关系。 2.探究不同物种之间相似基因组序列中顺式...
这篇综述评估了用于理解顺式调控元件在细胞分化中发挥的作用的实验(测序)和计算方法,并介绍了scATAC-seq分析的先进方法。 原文图1 from https://doi.org/10.1016/j.pbi.2021.102094 a) 在单细胞水平上分析染色质开放状态,传统的bulk测序(第一行)得到的信号模糊了细胞间差异的信息。 b和c) 分析单核染色质可及...