从PDB Bank中下载PDB ID为3Q47的蛋白质晶体结构,由于蛋白晶体包含了我们需要的Smad1肽和结晶水分子,我们需要用文本编辑器打开PDB文件,先将将结晶水分子删除,然后再将Smad1肽的数据剪切并粘贴至一个新建的名为3q47_pep.pdb的文件,得到单独的多肽分子。去除多肽后的pdb文件则是蛋白受体文件,将文件名重新命名为3q...
再打开蛋白质文件 现在小分子的位置是docking之前的位置 看看docking之后的位置 看一下前50个对接结果 下面看一下排名第一的对接结果的具体情况 可以看到小分子与蛋白质上的哪些氨基酸产生作用,并列出了产生氢键的位置 保存排名第一的对接状态 删除除了小分子之外的全部分子 然后保存 看一下rank1.pdb 将其内容拷贝至...
蛋白-蛋白对接教程(ICM-Docking)ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究 前言 本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构（PDB code：2sni）为例，将其中的配体分子（PDB code：2ci2）对接到受体分子（PDB code：2st1）中，比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象，熟悉蛋白-蛋白对接操作流程。一、准备...
在ADFR suite 1.0 rc1和Pymol的配合下，我们点击"receptor"选项，选择受体文件，随之而来的将是清晰的蛋白结构展示。设置AutoSite为1.1版本（虽然耗时较长，但效果卓越），启动"compute pockets [AutoSite 1.1]"，选择"fill"选项以聚集高亲和力点，最终，AutoSite得分最高的点将成为首选目标。接下来...
ICMPro进行蛋白蛋白对接研究前言本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构PDBcode2sni为例将其中的配体分子PDBcode2ci2对接到受体分子PDBcode2st1中比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象熟悉
第三天：拓展对接的使用方法，包括蛋白-蛋白对接、涉及金属酶蛋白的对接、蛋白-多糖分子对接、核酸-小分子对接、操作流程介绍及实战演示。第四天：拓展对接的使用方法，包括柔性对接、共价对接、蛋白-水合对接、分子动力学模拟（linux与gromacs使用安装）。第五天：分子动力学模拟（linux与gromacs使用安装），...
蛋白 蛋白中配体设置 1 菜单栏 Docking Protein protein Legacy Protocol Ligand setup 输入 Project 名称 DOCK1 指定配体分子 eg a 2ci2 i 点击 OK 四 蛋白表位选择 此步操作非必需 视具体情况 选择 蛋白 蛋白可能的结合位点可通过查阅实验数据 参考复合物晶体结构信息或 软件预测得到 然后在受体上选择感兴趣的...
dockingprotein蛋白质对接leskcapri 11 Protein-Protein Docking ThomasFunkhouser PrincetonUniversity CS597A,Fall2005 Introduction Goal: •Giventwoproteinstructures, predicthowtheyformacomplex Applications: •Quaternarystructureprediction •Proteininteractionprediction •etc. Introduction Goal: •Giventwoproteinstr...
以MYT1激酶与达沙替尼为例，首先从pdbbank获取复合物晶体文件5vcv，导入文件并分离成水分子、蛋白质分子和小分子文件。接着准备达沙替尼分子，转换其格式为mol2。配置Docking流程，选择配体和蛋白质，并设置打分函数、搜索模式和保留结果数量。最后，提交任务并检查结果。通过MediElixir，用户能够直观地了解...
1) Protein docking 蛋白对接 2) protein-protein docking 蛋白质-蛋白质分子对接 1. Generally, theprotein-protein dockingprocedure is composed of four stages: searching of the binding modes of the receptor and the ligand, filtering of docked modes to eliminate the irrational docked structures, optimizi...