《Clinical and Translational Medicine》文章“Whole-transcriptome sequencing uncovers core regulatory modules and gene signatures of human fetal growth restriction”fig 4D的lncRNA-mRNA-miRNA网络图揭示了三种分子间的复杂调控网络,并将整个网络图分成了不同的community,视觉上更有层次感。 本文以蛋白质-蛋白质相互...
下载: 全尺寸图片 幻灯片 蛋白相互作用(PPI)网络图 2022, 43(12): 36-45. 基于网络药理学探讨山楂叶抗高脂血症的作用机制及初步验证 . 相关文章超声改性对蓝莓果胶与矢车菊素-3-O-葡萄糖苷相互作用的影响 2024, 45(19): 49-57. DOI: 10.13386/j.issn1002-0306.2023100124 基于网络药理学及分子对接...
开发用于在分子和纳米尺度上分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的新方法可以深入了解细胞内信号通路,并将提高对蛋白质功能以及其他生物和非生物来源的纳米级结构的理解。计算工具的最新进展,特别是涉及现代深度学习算法的工具,已被证明可以补充描述和合理化 PPI 的实验方法。
一些方法使用蛋白质的 3D 结构预测相互作用,使用基于知识的方法来评估候选蛋白质与模板蛋白质复合物的结构相似性。由于这种方法需要有关更大复杂的详细信息,无模板对接方法分析未结合的蛋白质成分,并从大量潜在的相互作用位点中识别出最有希望的相互作用。虽然对接方法已经显示出对某些蛋白质的成功,但它们面临着蛋白质在...
蛋白质-蛋白质相互作用是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体（protein complex）的过程。多类型蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的研究是从系统的角度理解生物过程和揭示疾病机制的基础。现有方法在未知数据集（指的是经常出现在训练集中未看到相互作用的蛋白质的数据集）上进行测试时会出现显着的...
今天为大家介绍的是来自Jürgen Bajorath团队的一篇论文。图神经网络(GNNs)通过分析蛋白质与配体相互作用的图表示结构来预测配体的亲和力。虽然有一些研究表明GNNs能够详细了解蛋白质与配体的相互作用,但这种…
蛋白质-蛋白质相互作用是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体(protein complex)的过程。多类型蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的研究是从系统的角度理解生物过程和揭示疾病机制的基础。现有方法在未知数据集(指的是经常出现在训练集中未看到相互作用的蛋白质的数据集)上进行测试时会出现显着的性能...
开发用于在分子和纳米尺度上分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的新方法可以深入了解细胞内信号通路,并将提高对蛋白质功能以及其他生物和非生物来源的纳米级结构的理解。计算工具的最新进展,特别是涉及现代深度学习算法的工具,已被证明可以补充描述和合理化 PPI 的实验方法。
总的来说,细胞中所有的蛋白质-蛋白质相互作用形成一个PPI网络。通过实验在人类细胞中识别PPI网络需要大量的时间和资源,需要进行实验来识别每一个个体PPI,还需要进行许多额外的实验来研究这些蛋白质对的网络级相互作用。 现在,加州大学圣地亚哥分校(University of California San Diego)的生物工程师已经开发出一种技术,能...
STRING数据库是一个常用的蛋白质-蛋白质互作(PPI)数据库,但它只包含了一部分已知的生物物种。 如果你的目标物种(如蓝莓)不在STRING中,你可以尝试以下方法来绘制蛋白质相互作用网络图: 1.基于同源性的预测: 如果某些与蓝莓相近的物种在STRING或其他数据库中有已知的蛋白质相互作用信息,你可以使用这些信息来预测蓝莓...