蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
蛋白质相互作用网络分析。STRING是收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库,包括直接的物理互作和间接的功能相关。百泰派克生物科技使用STRING数据库,结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对,分析差异表达蛋白互作网 - 百泰派克生物科技于202411
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
网络基本参数分析是指对蛋白质相互作用网络的节点数、边数、度分布、聚类系数等基本参数进行分析。这些参数可以反映网络的规模、复杂度和模块化程度等特征,有助于揭示网络的整体结构和特性。 2.网络模块识别 网络模块是指蛋白质相互作用网络中密集连接的节点集合。模块化是一种重要的网络特征,对于揭示蛋白质网络的功能...
蛋白质相互作用网络是指一组蛋白质在细胞内通过物理、化学或生物学方式相互交互形成的复杂网络。这个网络有助于我们理解蛋白质在生物体内的功能和作用,以及如何干预这些生物过程以治疗人类疾病。 为了研究蛋白质相互作用网络,研究人员需要开发相关的分析方法。以下是三种常用的蛋白质相互作用网络分析方法: 1.图论方法 图论...
STRING是收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库,包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对,构建差异表达蛋白互作网络。分析过程中将差异表达蛋白映射到STRING数据库中,获得差异蛋白的相互作用关系信息。由于STING数据库除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖...
STRING是收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库，包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对，构建差异表达蛋白互作网络。分析过程中将差异表达蛋白映射到STRING数据库中，获得差异蛋白的相互作用关系信息。由于STING数据库除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本...
如果我们有一个目标蛋白,想要查看这个蛋白的可能的相互作用蛋白可以选择 Protein by name;如果我们有很多蛋白,想要查看这些蛋白之间的相互作用关系,那就可以选择 Multiple proteins。…
蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)是蛋白质功能的关键,探究PPI网络的构成及其特点对于理解蛋白质分子的基本功能机理具有重要意义。因此,对于PPI网络的构建及分析方法的研究已经成为了生命科学中的一个热点研究领域。 一、蛋白质相互作用的检测方法 在实验上,通常利用生物分子亲和层析法、荧光共振能量转移法...
蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI)是指由蛋白质之间的相互作用所构成的复杂网络结构,研究这种网络结构对于深入理解细胞功能与疾病的生物学机理非常重要。 PPI网络的建立首先需要获取大量的蛋白质相互作用数据。目前,常用的方法包括酵母双杂交技术、亲和纯化结合质谱技术、表面等离子共振技术等。这些...