(A) LA-ESM2, (B) LA-ProtTrans, (C) LA-ESM-MSA, (D) ULDNA, (E) PredDBR;橙色表示DNA分子,灰色表示蛋白质分子;红色、蓝色和绿色分别表示假阳性位点(非DNA结合位点被错误地预测为结合位点)、真阳性位点(被正确预测的DNA结...
对于生物数据,机器学习能够根据数据建立模型,获得较为理想的结果,本文运用机器学习方法对DNA蛋白质结合位点进行预测.DNA与蛋白质相互作用在生命活动中发挥着不可或缺的作用,DNA分子修复,DNA分子复制等生命活动都与DNA蛋白质相互作用有关,所以对DNA与蛋白质相互作用的研究有十分重要的意义.本文选取蛋白质DNA复合物作为...
转录因子结合位点（TFBS）是TF结合的DNA片段，通常在4-30bp范围内。转录因子通常同时调节多个基因，在某种程度上，其在不同基因上的结合位点是保守的，但并不完全相同。因此，DNA-蛋白质结合的准确预测对于理解转录因子的生理作用，表征基因组的特定功能特征以及阐明在复杂生物体中如何精心编排高度特异性的序列表达程序...
一种预测DNA蛋白质结合位点的集成学习方法本发明涉及一种预测DNA蛋白质结合位点的集成学习方法,其包括以下步骤:获取DNA结合蛋白质位点的蛋白质序列数据;对DNA结合蛋白质位点的蛋白质序列数据预处理;使用one‑hot编码方式构建输入数据;将提取的特征合并,构建每个蛋白质序列上氨基酸的特征,将其作为输入数据;使用SMOTE算法...
综述生物信息学方法在判断DNA结合蛋白质和预测结合位点中的应用研究进展.蛋白质与DNA间的相互作用是基因表达调控的分子生物学基础,因此DNA结合蛋白的判断以及DNA与蛋白质间作用位点的预测一直以来都是分子生物学和生物信息学的前沿领域.采用生物信息学方法进行这类判断和预测,具有省时,省力的特点,近年来吸引了众多科学家...
^▲●一▲一基于离散增量结合二次判别法预测蛋白质相互作用及DNA甲基化位点PredictionofProtein-ProteinInteractionandDNAMethylationSitesBasedonIncrementofDiversityCombinedwithQuadraticDiscriminantAnalysis研究生姓名:***教师姓名:***古科技大学数理与生物工程学院包头014010,中国Candidate:LiuJiaSchoolofMathematics,Physicsandbiol...
DNA-蛋白质结合位点DNA形状特征密集连接网络容错编码多尺度卷积能够与基因上游的特定核苷酸序列结合的蛋白质被称为转录因子,转录因子结合位点是指与特定的转录因子结合的DNA片段,它被称为基序,通常位于基因的上游区域.准确预测DNA-蛋白质结合位点(DNA-protein binding sites,DPBS)对于研究基因表达的调控机制具有重要的生物...
目前国内外对于DNA-蛋白质绑定位点预测的研究大多集中在仅以蛋白质序列信息或仅以蛋白质结构信息为基础进行计算,而二者结合所实现的预测效果较差。本文提出一种在蛋白质位置特异性得分矩阵序列特征的基础上,结合蛋白质残基的溶剂可及表面积、相对表面积、深度和突出指数这几个结合效果良好的结构特征的DNA与蛋白质绑定...
此项研究提供了一种新的高通量生物计算方法,它能够快速准确地从大规模蛋白质序列中预测出潜在的DNA结合位点。 研究人员首先在PDNA-128测试集上比较ULDNA和9种主流的蛋白质-DNA结合位点预测方法的性能,其中PDNA-128包含了128条在2023年1月以后加入蛋白质结构数据库PDB的蛋白质序列。从表1中可见,ULDNA的MCC (...
DNA-蛋白质结合位点在基因调控中起着至关重要的作用,鉴定DNA-蛋白质相互作用的特定残基对于理解DNA-蛋白质复合物的结合机制具有相当重要的意义.尽管已经进行了大量研究,但是准确识别DNA-蛋白质结合位点的问题仍然有很大的改进空间.特别是在后基因组时代积累了大量的蛋白质序列,因此需要复杂的计算方法来从这些海量的蛋白...