来源：cnbeta 据魏兹曼科学研究所的研究人员说，蛋白质可以通过 DNA 进行 " 交流 "，进行远距离 " 对话 "，作为一种遗传 " 开关 "。他们发现，蛋白质与 DNA 分子的一个位点结合，可以对远处的另一个结合位点产生物理影响，而这种 " 同群效应 " 可以激活某些基因。这种效应以前曾在人工系统中观察到过，但魏兹...
其中ChIP-Seq可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白,是目前研究蛋白质-DNA互作的经典方法。 一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎...
ChIP 的一般流程是:甲醛固定细胞---收集细胞,将染色质复合物中 DNA 切割---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA 复合物相互结合---加入Protein A 或 Protein G 微珠,结合抗体-靶蛋白-DNA 复合物并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA 复合物---解交联,纯化...
通常情况下,蛋白质-DNA复合物会与特定的DNA靶位点结合,而蛋白质会以不同的结合特异性与多种DNA序列结合。为了捕捉这种信息,8月5日Nature Methods的研究报道“Geometric deep learning of protein–DNA binding specificity”,开发了结合特异...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合...
ChIP是全基因组范围内检测蛋白-DNA互作的标准方法,该技术由Orlando等于1997年创立[1]。 图1:ChIP 基本原理图[1] ✦ChIP原理: 将染色质和与之相互作用的转录因子和组蛋白通过甲醛等物质交联起来,然后通过超声将染色质打碎成小片段,加入针对特定转录因子或特殊修饰的组蛋白抗体,通过Protein A/Protein G微球或磁珠将...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...
DNA与蛋白质的相互作用主要指顺式作用元件与反式作用因子的相互关系。反式作用因子必须与顺式作用元件相结合，才能发挥其调节基因表达的作用。反式作用因子又称转录因子（transcriptionfactors , TF)。指真核细胞内含有的大量可以通过直接或间接结合顺式作用元件而调节基因转录活性的蛋白质因子。转录调节因子分为两类：...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...