通常情况下,蛋白质-DNA复合物会与特定的DNA靶位点结合,而蛋白质会以不同的结合特异性与多种DNA序列结合。为了捕捉这种信息,8月5日Nature Methods的研究报道“Geometric deep learning of protein–DNA binding specificity”,开发了结合特异...
其中ChIP-Seq可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白,是目前研究蛋白质-DNA互作的经典方法。 一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎...
基于该方法,他们解决了两个具体问题:首先,其观察到了转录偶联修复正常进行或受阻时 RNA 聚合酶 II 在损伤位点停留和解离的过程;同时,检测到由顺铂诱导的、组蛋白 H3 上第 9 位赖氨酸的乙酰化修饰(H3K9ac)的局部变化。 2023 年 1 月 30 日,相关论文以《通过 PADD-seq 绘制蛋白质-DNA 损伤相互作用的全基因...
据魏兹曼科学研究所的研究人员说,蛋白质可以通过DNA进行“交流”,进行远距离“对话”,作为一种遗传“开关”。 他们发现,蛋白质与DNA分子的一个位点结合,可以对远处的另一个结合位点产生物理影响,而这种“同群效应”可以激活某些基因。这种效应以前曾在人工系统中观察到过,但魏兹曼的研究首次表明它发生在生物体的DNA中...
染色质免疫共沉淀基本原理是在活细胞状态下,固定蛋白质-DNA(染色质)复合物,并将其切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法(抗体亲和)沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,通过对目的片段的纯化与后期检测,从而获得蛋白质与DNA 相互作用的信息。
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合...
ChIP是全基因组范围内检测蛋白-DNA互作的标准方法,该技术由Orlando等于1997年创立[1]。 图1:ChIP 基本原理图[1] ✦ChIP原理: 将染色质和与之相互作用的转录因子和组蛋白通过甲醛等物质交联起来,然后通过超声将染色质打碎成小片段,加入针对特定转录因子或特殊修饰的组蛋白抗体,通过Protein A/Protein G微球或磁珠将...
作者提出了CLAPE模型用于预测蛋白质‑DNA结合位点（图1），其包含三个核心模块，序列嵌入模块是根据ProtBert的预训练语言模型生成蛋白质序列表征。主干提取模块则是通过MLP, CNN等模型提取深层的蛋白信息。损失函数模块包括解决类别不平衡的focal loss及对比损失，并通过反向传播更新模型参数。基于预训练模型来提取特征可以...
DNA与蛋白质互作及染色质开放性研究是表观遗传学中的重要领域,影响基因表达调控和细胞功能。染色质开放性指的是染色质在全基因组范围内的开放程度。蛋白-DNA互作则涉及转录因子和其他DNA结合蛋白与基因组特定区域的结合,调控基因表达。研究DNA与蛋白质互作及染色质开放性有助于揭示基因表达调控的分子机制,对理解细胞分...