本文以蛋白质-蛋白质相互作用数据为例,展示了如何使用微生信云平台在线绘制带community的分子相互作用网络图。 1,打开作图URL bioinformatics.com.cn/b 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据包括2列: 第1列是来源(source)节点的名字 第2列是靶(target)节点的名字 第3列是相互作用的...
本文作者使用 iPSC 衍生出的兴奋性 iNs、相互作用蛋白质组学和计算方法，为ASD 相关的基因构建脑细胞类型特定的 PPI 网络。ASD相关基因和蛋白质在诱导神经元中表达 利用已有的24 个 ASD 相关基因为工作流程的起点，作者在 iNs 中生成 ASD PPI 网络（图1A），本文将它们及其编码的蛋白质分别称为索引基因（index ...
导读:分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区(community),可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块,对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。 《Clinical and Translational Medicine》文...
近日,kevin C.Eggan和Kasper Lageu团队利用iPSC,在人类兴奋性神经元中的13个ASD相关基因中,构建了它们的蛋白质-蛋白质相互作用网络。文章在最新一期的Cell Genomics杂志上发表,名为“Protein interaction studies in human induced neurons indicate convergent biology underlying autism spectrum disorders”。 ASD包括社交...
本文以蛋白质-蛋白质相互作用数据为例,展示了如何使用微生信云平台在线绘制带community的分子相互作用网络图。 1,打开作图URL https://www.bioinformatics.com.cn/basic_protein_protein_interaction_network_by_igraph_256 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据包括2列: 第1列是来源(...
开发用于在分子和纳米尺度上分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的新方法可以深入了解细胞内信号通路,并将提高对蛋白质功能以及其他生物和非生物来源的纳米级结构的理解。计算工具的最新进展,特别是涉及现代深度学习算法的工具,已被证明可以补充描述和合理化 PPI 的实验方法。
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
蛋白质-蛋白质相互作用是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体(protein complex)的过程。多类型蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的研究是从系统的角度理解生物过程和揭示疾病机制的基础。现有方法在未知数据集(指的是经常出现在训练集中未看到相互作用的蛋白质的数据集)上进行测试时会出现显着的性能...
定功能。 一、蛋白质的功能一、蛋白质的功能 蛋白质的功能很多,例如以下几种最基本的蛋白质的功能很多,例如以下几种最基本的 生理功能:生理功能: n1.组成和修复生物体组成和修复生物体 n2.调节生物体的生理机能调节生物体的生理机能 n3.运输载体运输载体 n4.供给能量供给能量 1.组成和修复生物体组成和修复生物...
开发用于在分子和纳米尺度上分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的新方法可以深入了解细胞内信号通路,并将提高对蛋白质功能以及其他生物和非生物来源的纳米级结构的理解。计算工具的最新进展,特别是涉及现代深度学习算法的工具,已被证明可以补充描述和合理化 PPI 的实验方法。 然而,现有的大多数 PPI 预测工作都使用蛋白质...