通过作用于特定的蛋白质,药物可以调节细胞功能、干扰病理过程并治疗疾病。例如,抗生素可以抑制细菌蛋白质的生物合成,从而杀死细菌;激素可以与靶细胞的受体结合,调节细胞生理过程。 此外,了解蛋白质与药物的相互作用有助于药物的研发与设计。通过探究药物与特定蛋白质的结合机制,可以设计出更加有效和选择性的药物。因此,...
为了评估其方法,首先,研究人员利用 MUSE 整合原子结构信息来改进分子网络尺度(scale)预测。MUSE 在蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、药物-蛋白质相互作用(DPI)和药物-药物相互作用(DDI)这三个多尺度相互作用预测任务上取得了最先进的表现。图 2:MUSE 在预测蛋白质和药物相互作用方面的性能。(来源:论文)从分...
MUSE 是一种多尺度学习方法,通过变分期望最大化(EM)框架,将分子结构建模和蛋白质与药物相互作用网络学习相结合。EM 框架在多次迭代的交替过程中优化两个模块,即期望步骤(E-step)和最大化步骤(M-step)。 在E-step 期间,MUSE 利用每个生物分子的结构信息来学习有效的结构表示,以便在 M-step 中使用已知的相互作用...
氢键是指通过一个氢原子连接的两个分子之间的作用。药物分子所含有的氧原子、氮原子、硫原子等官能团,与蛋白质分子上的氨基基团、羧基团等官能团之间可以相互作用,从而实现药物与蛋白质的结合和作用。 2.范德华力作用:药物分子与蛋白质分子之间通过相互的范德华力作用形成结合。范德华力(Van der Waals force)是...
药物通常是小分子有机化合物或生物大分子。在药物分子与蛋白质分子相互作用的过程中,药物分子会与蛋白质中的氨基酸残基发生相互作用。 药物与蛋白质相互作用的主要方式包括静电相互作用、范德华相互作用和氢键相互作用。静电相互作用通常发生在药物分子与蛋白质分子电荷相反的残基之间,例如药物分子的正电荷与蛋白质分子的...
MUSE 不仅在分子相互作用(蛋白质-蛋白质、药物-蛋白质和药物-药物)任务方面优于当前最先进的模型,而且在原子结构尺度的蛋白质界面预测方面也优于当前最先进的模型。更重要的是,多尺度学习框架可扩展到其他尺度的计算药物发现。 该研究以「A variational expectation-maximization framework for balanced multi-scale learn...
关于这两种小分子,最近有基于活性和基于(光)亲和力的方法获得的关于它们各自的蛋白质-药物相互作用组的数据,也有一种非常类似的方法,以 Halo-SAHA 为靶点。首先,研究人员确定了一种方便的生物素连接酶,如 BioID 或 BASU 。为了实现合理而均匀的表达,研究人员创建了稳定表达 Halo 标记的eGFP-BASU 或 eGFP-...
研究药物与转运蛋白的相互作用可以预测药物的生物利用度和药物间的相互作用。例如,西地那非(Sildenafil)是一种治疗勃起功能障碍的药物,研究发现其与P-gp转运蛋白的相互作用会影响西地那非的药物代谢和清除。 结论 蛋白质与药物相互作用的研究对于药物研发和临床应用具有重要意义。通过研究药物与蛋白质之间的相互作用机制...
蛋白质药物相互作用米粒蛋白纳米 药物进入血浆后游离型药物结合型药物未被蛋白结合可透过生物膜产生效应或进行代谢、排泄与血浆蛋白结合体积增加不易透过血管壁,暂时失去药理活性.药物与蛋白质结合部位:阴离子:阴离子:与氨基酸的N+结合与氨基酸的N+结合阳离子:阳离子:与氨基酸的COO-结合与氨基酸的COO-结合非离子:非离子...
药物与蛋白质之间的相互作用对于药物的效力有着至关重要的影响。药物可以与蛋白质的表面成分相互配对,从而影响其生物学效应。与此同时,一些药物也会影响蛋白质的构象,从而影响蛋白质的功能。 基于这些原因,研究药物与蛋白质之间的相互作用已成为现代药理学中非常重要的领域。在这个领域,科学家们使用基于计算机的技术来预...