蛋白质数据库是指 专门存储蛋白质相关信息的数据库。它们收集、整理和存储大量的蛋白质数据,包括蛋白质序列、结构、功能、互作关系、表达模式、疾病关联等信息。这些数据经过验证和标准化后,被整合到数据库中,使研究者能够方便地访问和利用这些数据进行各种研究工作。 那么,现在就让小玖给大家分享一些常用的数据库
1.1序列数据库:UniProt 包含三大蛋白质序列数据库,Swiss-Prot,TrEMBL 和PIR,分为三个层次:第一层叫UniParc,收录了所有UniProt 数据库子库中的蛋白质序列,量大,粗糙。 第二层是UniRef,他归纳了UniProt 几个主要数据库并且是将重复序列去除后的数据库。 第三层是UniProtKB,他有详细注释并与其他数据库有链接,分为S...
⑦STRING：STRING是一个蛋白质互作关系数据库，整合了多种数据源的蛋白质互作信息，包括实验验证的互作、计算预测的互作和文献报道的互作。它提供了蛋白质互作网络的可视化和分析工具，用于研究蛋白质相互作用网络和功能模块。STRING: https://string-db.org/ ⑧InterPro：InterPro是一个蛋白质家族和结构域注释数据库，...
Interpro在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释,每两个月会更新一次。 3. CDD(Conserved Domain Database) 网址:ncbi.nlm.nih.gov/Struct 简介:CDD是蛋白质保守结构域数据库,收集了大量保守结构域序列信息和蛋白质序列信息。一个蛋白质的保守结构域在一定程度上体现了该...
InterPro数据库(https://www.ebi.ac.uk/interpro/)将13个蛋白质特征数据库合并为一个中央资源:CATH-Gene3D,保守结构域数据库(CDD),HAMAP,PANTHER,Pfam,PIRSF,PRINTS,PROSITE Patterns,PROSITE Profiles,SMART,结构-功能连锁数据库(SFLD),SUPERFAMILY和TIGRFAMs。总的来...
此外Uniprot数据库包含丰富的功能模块,主要包含:蛋白序列、结构域、亚细胞定位、翻译后修饰、表达情况、蛋白互作等,可以直接输入蛋白质ID或者名称进行查询该蛋白参与的生物学过程。 图1.3 Uniprot 蛋白功能注释信息 1.2 NCBI NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心,https://www.ncbi....
由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)维护的蛋白质数据库,提供基于UniProt程序的自动注释信息。 UniProt: 一个全面的、高质量的蛋白质数据库,包含来自UniProtKB/Swiss-Prot的手动注释蛋白质和来自TrEMBL的计算机注释蛋白质。 Human Protein Atlas: 一个项目,旨在分析所有人类蛋白质在各种组织中的表达和定位。
STRING 是一个广泛使用的数据库和资源,主要用于预测和可视化蛋白质-蛋白质相互作用网络。它结合了实验数据、计算预测以及已知的生物学知识来预测蛋白质相互作用。 数据来源: STRING 的数据来源包括实验验证的相互作用、计算预测的相互作用、文献挖掘以及来自其他数据库的信息。
一蛋白质数据库 1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址:http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成,提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、...
Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写,是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。我们常用的是UniProtKB。UniProt knowledgetbase (UniProtKB)是收集蛋白质功能信息的中心枢纽,拥有准确、一致和丰富的注释。除了为每个 UniProtKB 条目捕获必需的核心数据(主要是氨基酸序列、蛋...