布鲁克海文蛋白质数据库（The BrookHaven Protein Data Bank，PDB）是经实验测定的生物大分子三维结构数据档案，服务于全球科研、教育工作者和学生。其内容包括原子坐标、参考文献、一级和二级结构信息,也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据。PDB时事通讯和CDROM每三个月发布一次。PDB概述 ---PDB由美联邦政府代理基金会与...
PDB编号(Protein Data Bank identifier)是蛋白质数据库中的唯一标识符,用于区分不同的蛋白质结构数据。PDB编号通常由4个数字或字母组成,例如“1LDM”。 蛋白质使用PDB编号为2BEG的Aβ17-42五聚体,配体为某一多酚类小分子。 请注意,PDB编号并非固定不变,具体的编号可能会随着数据库更新而发生变化。如需获取最新...
以批量下载蛋白质的PDB结构为例,将蛋白的PDB ID写入至.txt文件中,每个PDB ID以逗号隔开,如下所示:然后输入以下命令即可一键下载:./batch_download.sh -f list_file.txt -p 当然,实际操作中,也不仅限于.txt文档,我们从其它软件导出数据时,可能.csv格式更为方便,比如笔者这里首先使用药效团数据库对目标分子进行...
PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉,但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。从网上搜集了一些文章,结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释: REMARK:记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。
蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_百度百科。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究...
国际蛋白质结构数据库(PDB)全称为Protein Data Bank,是全球最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库。PDB网址https://www.wwpdb.org/,用户可以经由网络免费访问,是结构生物学研究的重要资源。 1、PDB发展史 ...
蛋白质数据库Protein Data Bank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库,网址是http://www.rcsb.org。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要...
PDB蛋白质结构数据库是一个关于生物大分子三维结构的数据档案,由美国布鲁克海文国家实验室维护。它包含了生物大分子的原子坐标、参考文献、1级和2级结构信息,以及晶体结构因数和NMR实验数据,对全球的科研工作者、教育工作者和学生等提供免费服务。简单来说,PDB就是一个非常全面的蛋白质结构信息库,对于研究蛋白质结构非...
PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来,随着多维核磁共振溶液构...