通过比较多种物种中相同蛋白质的序列，识别在进化过程中高度保守的氨基酸残基。这些通常是功能性重要的残基，包括结合位点。模体搜索（Motif search）识别在已知的蛋白质-蛋白质相互作用中出现的短序列模体，并在未知蛋白中搜索这些模体。分子对接 使用计算模拟来预测两个或多个蛋白质结构如何物理上相互作用和结合。这种方...
图4可以发现蛋白质序列和结构对于不同的任务有各自的优势，序列的表征更有利于二者结合强度预测，而结构...
因此,识别参与蛋白质-多肽相互作用的结合位点对于理解蛋白质功能和药物发现都是必要的。目前现有的计算方法或多或少存在如下问题:1)在缺乏相关的肽结合蛋白结构时,基于蛋白质结构的结合位点预测方法则无法进行预测;2)目前大多数方法都依赖于第三方工具包来提取预测特征或者进行手工特征提取来预测结合位点,但这会导致预测...
书名: 蛋白质结合位点预测及辅助分子对接 作者名: 邱智军 本章字数: 255字 更新时间: 2022-01-14 22:03:011.2 蛋白质结构与功能越来越多的药物开发人员将大分子特别是蛋白质作为一种治疗用药物来选择。蛋白质药物的开发和应用,目前还存在诸多挑战,如果不能很好地了解蛋白质结构的性质和所配制的特定蛋白质的构象...
本发明中提出了新的蛋白质与小分子结合位点预测方法,该方法中使用滑动采样窗口法提取数据;蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响,因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置的残基的特征,具有更好的表征效果;在使用提取的特征构建XGBoost分类模型后,分类模型具有更好的预测效果,能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点...
本发明公开了一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法,属于生物分子相互作用预测研发领域.本发明方法包括如下步骤:以核酸分子结构中的核苷酸作为网络模型中的节点,核酸分子序列上两个非连续的核苷酸重原子之间的最短距离小于时则形成网络模型的边,将核酸分子结构转化为核酸分子网络模型,通过计算核酸网络的节点...
基于深度神经网络的DNA-蛋白质结合位点预测研究 能够与基因上游的特定核苷酸序列结合的蛋白质被称为转录因子,转录因子结合位点是指与特定的转录因子结合的DNA片段,它被称为基序,通常位于基因的上游区域.准确预测DNA-... 殷宇航 - 江苏科技大学 被引量: 0发表: 2023年 一种基于深度学习的蛋白质-配体结合位点预测方...
步骤3、将新的蛋白质输入预测模型中,进行结合位点位置的定位和预测。 作为一种优选的实施方式,步骤1中蛋白数据库包括sc-pdb和pdbbind,其中sc-pdb中的蛋白质按照3:1:1的比例随机抽取蛋白质分别形成训练集、验证集和测试集,pdbbind中的所有蛋白质作为测试集。
者开发了一种名为MetalNet的计算方法,基于机器学习和蛋白质共进化信号分析来预测蛋白质中的金属结合位点,为研究金属蛋白质组和金属生物学提供了新的工具。 近日,北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命科学联合中心、北京大学合成与功能生物分子中心王初教授课题组与北京大学生命科学学院、蛋白质与植物基因研究国家重...