1. 基于序列的预测方法:这些方法主要依赖于蛋白质的氨基酸序列信息,通过分析序列特征来预测可能的结合位...
因此,识别参与蛋白质-多肽相互作用的结合位点对于理解蛋白质功能和药物发现都是必要的。目前现有的计算方法或多或少存在如下问题:1)在缺乏相关的肽结合蛋白结构时,基于蛋白质结构的结合位点预测方法则无法进行预测;2)目前大多数方法都依赖于第三方工具包来提取预测特征或者进行手工特征提取来预测结合位点,但这会导致预测...
作为一种优选的实施方式,步骤1中蛋白数据库包括sc-pdb和pdbbind,其中sc-pdb中的蛋白质按照3:1:1的比例随机抽取蛋白质分别形成训练集、验证集和测试集,pdbbind中的所有蛋白质作为测试集。 作为一种优选的实施方式,步骤2中特征提取采用网格的多通道特征提取,对每个蛋白质进行计算,得到每个蛋白质的多通道网格。 作为...
单位代码10476 学号1608283028 分类号TP311 K南封祐七f 硕士学位论文 (专业学位) 基于结构数据的蛋白质结合位点的分析与预测 专业学位领域:软件工程 专业学位类别:工程硕士 申请人:李克亮 指导教师:王伟副教授
本发明中的蛋白质与小分子结合位点预测方法,使用滑动采样窗口法提取数据,蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响,因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置残基的特征,具有更好的表征效果;在使用提取的特征构建分类模型后,分类模型具有更好的预测效果,能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点。
发明中提出了新的蛋白质与小分子结合位点预测方法,该方法中使用滑动采样窗口法提取数据;蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响,因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置的残基的特征,具有更好的表征效果;在使用提取的特征构建XGBoost分类模型后,分类模型具有更好的预测效果,能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点....
一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法专利信息由爱企查专利频道提供,一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法说明:本发明公开了一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法,属于生物分子相互作用预测研发领域...专利查询请上爱企查
在这项工作中,作者开发了一种名为MetalNet的计算方法,采用机器学习方法通过蛋白质共进化信号进行金属结合位点预测,为研究金属蛋白质组和金属生物学提供了新的工具。
本发明中提出了新的蛋白质与小分子结合位点预测方法,该方法中使用滑动采样窗口法提取数据;蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响,因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置的残基的特征,具有更好的表征效果;在使用提取的特征构建XGBoost分类模型后,分类模型具有更好的预测效果,能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点...