近日，AI 初创公司 EvolutionaryScale 发布新语言模型 ESM Cambrian（ESM C），以蛋白质序列为训练对象，其规模可以捕捉地球生命的多样性。ESM C旨在成为一个多功能模型，能够预测结构、功能并促进不同物种和蛋白质家族的新发现，从而有可能加快新药和合成生物学应用的发现。EvolutionaryScale 在今年 6 月份发布蛋白质大...
其宽度、厚度、平滑度等都可以自己调节。 再换个2gx2.pdb,很显然,从颜色就可以看出这个蛋白结构中没有α-螺旋存在。 因为biotite导入的蛋白骨架含有非常多的信息,根据这些信息就可以实现几何节点模型转换。比如下面就是生成卡通模型的全部节点,后面可能还会增加。 好了,就展示到这...
生成任务，指根据不同条件设计对应的蛋白质。如给定某个功能标签，要求生成能实现这一功能的蛋白质；或是给一段蛋白质结构，设计一段可折叠成该结构的氨基酸序列等。理解任务，指预测某种蛋白质的属性。如蛋白质本身是酶，用AI预测它的最优催化温度、催化效率、稳定性等。但和人类语言一样，在大模型出现前，蛋白质...
在首次实验中,团队测试了ESM3生成的96个候选蛋白,其中出现了成功的发光样本,而且存在一种十分独特的结构,与自然界中任何蛋白质都相差甚远。 在另一组96个候选样本中,发现了几种亮度与天然GFP相似的蛋白质,其中一种亮度最高的蛋白质被命名为esmGFP,与最接近的天然荧光蛋白相比有96个突变(在229个氨基酸组成的序列...
打破传统蛋白质进化方法局限性：MIT团队设计新型蛋白质大模型，发现比自然界高效百倍的突变体 来源：DeepTech深科技 “我们通过少量实验数据和高效的计算模型显著提升了蛋白质活性，标志着蛋白质工程领域的一次重要突破。”谈及和团队近期发表在 Science 的论文，美国麻省理工学院博士生姜凯议如是说。研究人员结合蛋白质大...
01谷歌DeepMind团队发布蛋白质AI生成模型AlphaProteo,可为多种靶蛋白生成新的蛋白结合剂,加快药物设计研发等。 02AlphaProteo在七种目标蛋白质上实现了更高的结合成功率,比现有方法提高了3-300倍的结合亲和力。 03除此之外,氮化镓半导体在通信技术和电力电子领域具有广泛应用前景,信越化学推出大型基板以推动其大规模生产...
迄今为止规模最大的蛋白质语言模型问世了! 一年前,DeepMind开源AlphaFold2连登Nature、Science,刷爆生物和AI学界。 一年后,Meta带着速度快一个数量级的ESMFold来了。 不光速度快,模型还足足有150亿个参数。 LeCun发推称赞,这是Meta-FAIR蛋白质团队的伟大新成果。 共同一作Zeming Lin透露,30亿参数的大模型在256个...
为了能够尽可能的映射整个蛋白世界, xTrimoPGLM-100B 的预训练模型的训练数据集整合自两个广泛的数据源:Uniref90 和 ColAbFoldDB。 结合这两个数据源,预训练模型数据集充分利用了这两个数据源的优势,既有广泛的生物分类覆盖,又有多样的环境生态位蛋白质序列,全面而详尽地映射了生物世界中的蛋白质资源。
近日,天壤智能推出一款基于扩散的蛋白质生成模型TRDiffusion。作为一种新的蛋白质设计方法,该模型的不同之处在于,其是从零开始创造,并输出全新的蛋白质结构。 图丨TRDiffusion 生成的全新的蛋白质结构 作为生成模型中新的SOTA(State of the arts,指目前某领域表现最卓越的模型),扩散模型可以有效地生成质量优异的新图...