抗体(Antibody,Ab)又称免疫球蛋白(Immunoglobulin,Ig),是一种主要由浆细胞分泌,被免疫系统用来鉴别与中和外来物质如细菌、病毒等病原体的大型Y形蛋白质,仅被发现存在于脊椎动物的血浆等细胞外液中,及其B细胞的细胞膜表面。抗体能通过其可变区唯一识别特定外来物的
这两年生信热点方向的更新是越来越快,只有抓住机会做一波吃螃蟹的人才能抢占发文红利期!今天光宝要介绍的是马诺华生物医学研究所Philip Hartout团队在Bioinformatics杂志上所发表的一篇文章。主要组织相容性复合物II类相关的肽(MHCII)是评估治疗药物和药物原型免疫调节
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在文中,作者提出了一种基于图结构的蛋白质序列生成模型,通过聚焦三维空间上相邻的蛋白质区域,在基于神经网络的生成模型的蛋白质序列复杂度有了显著改善,并且比最先进的Rosetta程序生成序列更准确和高效。 1.背景 计算蛋白质设计的一个中心目标是自动创造具有明确结构和功能特性的蛋白质分子。本文中提供了一个自上而下...
如下图所示,ESM-2 语言模型经过训练,可以预测进化过程中被序列掩盖的氨基酸。Meta AI 发现,作为训练的结果,蛋白质结构的信息出现在该模型的内部状态中。这实在令人惊讶,因为该模型仅在序列上进行了训练。 就像论文或信件的文本一样,蛋白质可以写成字符序列。其中,每个字符对应 20 种标准化学元素(氨基酸)中的一...
在所有数据集上,该模型都大大优于NetMHCIIpan v4.0和v3.2。 图2 外部数据集上基于变压器的模型的接收器工作特征(ROC)和精度召回曲线 文章小结 本研究的工作表明,蛋白质语言模型有望解决在纯合数据中识别不同MHCII等位基因表达的肽的难题。此外,本研究中展示的关于专门针对I-Ag7数据训练的蛋白质语言模型,可以支持...
于是，Meta训练了一个大型语言模型，来学习进化模式，并直接从蛋白质序列中端到端地生成准确的结构预测，在保持准确性的同时，预测速度比当前最先进的方法快60倍。事实上，借助于这种新的结构预测能力，Meta在短短两周内用一个由大约2000个GPU组成的集群上，预测出了图谱中超过6亿个宏基因组蛋白质的序列。Meta发布...
生物膜的流动镶嵌模型#高中生物 #必修一生物 #细胞结构 #高中生物知识 #细胞 #科普一下 - 柯老师的生物频道于20210916发布在抖音,已经收获了33.6万个喜欢,来抖音,记录美好生活!
计算蛋白质设计的一个中心目标是自动创造具有明确结构和功能特性的蛋白质分子。本文中提供了一个自上而下的蛋白质设计框架模型,该模型直接学习给定目标结构从而生成蛋白质序列,其氨基酸结构以图结构表示。该模型可以有效地捕捉序列与结构间的高阶、基于交互的关系。
图1 蛋白质序列的深度语言模型概述 预训练数据应反映下游任务的目标 预训练数据的选择对于模型的性能至关重要,因为它们为下游任务提供了基础知识。在预训练过程中,LM通过自监督在大规模序列数据中生成概率模型,蛋白质LM的语言是由包含在预训练数据中的蛋白质序列集合决定的,蛋白质LM的语言是由包含在预训练数据中的蛋...