4个预测蛋白互作网站。 #热门 #干货分享 #sci #医学 #科研 @DOU+小助手
STRING是一个用于检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库，包含实验数据、来源于PubMed的结果、其他数据库的数据以及利用生物信息学的方法预测的结果，信息全面可靠，是研究蛋白质功能和互作的重要工具。进入官网（https://cn.string-db.org/），目前数据库已收录12535个物种，59.3million个蛋白，大于20billion种互...
01plant.MAP 其网站的网址：http://plants.proteincomplexes.org/，包含拟南芥、水稻、玉米等常见的模式植物的蛋白质数据。查找蛋白互作也非常简单，但是据很多同学反映，数据拟南芥的是最齐全，其他物种数据不是非常齐全，大家可以参考学习一下。操作步骤也非常简单，大家按要求输入ID名字就可以得到具体结果。02BioGRID ...
1. Hitpredict网站收集了IntAct, BIOGRID 和 HPRD数据库中的由高通量实验或者是小规模实验得到的蛋白质互作关系,综合了三大数据库的内容,数据准确全面。此外,还有根据互作得分估计的蛋白质相互作用。 2. 目前为止,网站已经收集了人类,小鼠等9个物种的蛋白质...
蛋白-小分子活性中心预测：1. DeepSite 网址：https://playmolecule.com/ 网站打开缓慢 2. DoGSite...
(1)首先,打开String网站, (2)然后(例如输入小鼠蛋白Znf706),则可得到与该蛋白有互作关系的相关蛋白信息, (3) 2 绘制蛋白与蛋白间PPI图。 (1)首先,打开String网站, (2) 3 使用Cytoscape软件对PPI图进行美化。 目前String上的图可能不够满足发文个性化要求,因此会需要用Cytoscape软件进行图片美化,关于Cytoscape图片...
首先介绍的是植物互作蛋白数据库（Plant.MAP），其网址为plants.proteincomplexes.org...。该网站提供拟南芥、水稻、玉米等常见模式植物的蛋白质数据。查找蛋白互作十分便捷，但值得注意的是，拟南芥的数据最为全面，其他物种的数据相对较少，供参考学习。另一个推荐的网站是BioGRID，网址为thebiogrid.org/...
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体(protein complex)的过程。 在进行数据挖掘时,比如你从GEO或者TCGA挖到一组自己感兴趣的差异表达基因,那么接下来如果想研究下这组基因的具体的某一个基因却又不知道无从下手的时候,这个时候PPI网...
㉘IntAct：IntAct是一个蛋白质相互作用数据库，整合了实验验证的蛋白质相互作用数据。它提供了蛋白质相互作用的注释和网络可视化工具，用于研究蛋白质相互作用网络和功能模块。IntAct: https://www.ebi.ac.uk/intact/ ㉙Reactome：Reactome是一个代谢通路和信号通路数据库，提供了多个物种的生物过程和分子互作的信息。
首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/),界面很简单明了,左侧一栏是网站的输入方式,右侧一栏是我们的蛋白输入框。通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multiple proteins”,即多个蛋白的输入。 选择好蛋白的输入方式后,输入一列差异基因,STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因,格式也是每行...