例如EGFRE746_A750de和MET扩增,在一项临床研究(证据来源)中被证明具有该突变的肺癌(肿瘤类型)患者对奥希替尼(治疗)具有耐药性(反应类型)。 3、My Cancer Genome数据库 数据库提供了癌症相关基因及特定癌症相关基因突变和临床相关性的最新信息,以及相关抗肿瘤药物类别、靶点和名称等信息,并且还收录了FDA批准或正在进行...
OncoKB(Precision Oncology Knowledge Base)网址:https://www.oncokb.org/,该数据库由Memorial Sloan Kettering Cancer Center开发并维护,以肿瘤患者基因突变为核心,收录突变对应的靶向药物使用、生物学与肿瘤学效应,以及突变在人群中分布频率和临床预后特征等信息。OncoKB数据来源包括FDA、NCCN、ASCO或ESMO会议论文、肿瘤领...
小伙伴们大家好,今天为大家安利一个临床&生信均适用的肿瘤综合性数据库——MyCancerGenome(MCG)(https://www.mycancergenome.org/),该数据库于2011年1月由William Pao和Mia Levy博士创建的全美第一个精确的癌症医学知识资源。为我们提供了癌症相关基因及特定癌症相关基因突变和临床相关性的最新信息,以及相关抗肿瘤药...
mSignatureDB是一个肿瘤突变特征的数据库,以COSMIC数据库中收录的30种突变特征作为参照,分析了来自TCGA和ICGC中约15000多个肿瘤样本中这30种突变特征的构成,文章发表在Nucleic Acids Research上,链接接如下 https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D964/4626771 数据库的网址如下 http://tardis.cgu.edu.tw/m...
分解后,cosmic数据库里面的每个signature的比例如下: 突变特征的cosmic数据库30个 但是很多时候,大家会觉得cosmic数据库30个signature的生物学意义并不好,会尝试自己分解出来自己的signature。比如:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》这个文献里面的: ...
在肿瘤研究中,经常涉及到一些基因的突变研究,如下图文章里KRAS基因突变与未突变的细胞系选择。 总之,在课题方向上的突变基因的选择以及合适细胞系的采取都是一个令人纠结的问题,数据库的选择和利用将显得尤为重要。 以下就上述两方面(临床样本数据和基础科研中的细胞系数据)介绍几个数据库。
mutagene是一个肿瘤突变频谱数据库,从ICGA, TCGA等肿瘤项目中收集整理蛋白编码基因上的体细胞突变数据,分析识别对应的突变频谱,对应的文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下 https://academic.oup.com/nar/article/45/W1/W514/3796332
COSMIC ID选项是指筛选得到的突变位点是否有COSMIC ID,换句话说,即筛选到的突变是否存储于COSMIC数据库中。 COSMIC(https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/)是当今世界上现有的最大、最全面的人类肿瘤体细胞突变数据库。所以,为了筛选和肿瘤相关的突变,我们可以在COSMIC ID选项中勾选上Not Missing。
deconstructSigs,检测样本中30种 COSMIC refernce突变特征的构成 WTSI Mutational Signature Framework, 利用和COSMIC相同的算法来识别mutation signatures, 本质上是通过调用mutSignatures这个R包来实现 通过该数据库不仅可以查看TCGA肿瘤样本中突变特征的构成,也可以对自己的数据进行突变特征的相关分析。
COSMIC 数据库灵活整合到 NGS 分析流程 1、二级分析 基于COSMIC 注释信息,在成千上万个变异位点中快速筛选出已报道过的潜在体细胞突变,点击 COSMIC IDs 获取网页详细注释信息。 2、三级分析 基于COSMIC 收录的 1,500 种肿瘤类型,注释基因和变异位点在特定肿瘤中的频率;基于 COSMIC 汇总的4,900,000 多个编码区变异...