例如EGFRE746_A750de和MET扩增,在一项临床研究(证据来源)中被证明具有该突变的肺癌(肿瘤类型)患者对奥希替尼(治疗)具有耐药性(反应类型)。 3、My Cancer Genome数据库 数据库提供了癌症相关基因及特定癌症相关基因突变和临床相关性的最新信息,以及相关抗肿瘤药物类别、靶点和名称等信息,并且还收录了FDA批准或正在进行...
一款适合临床医生的肿瘤基因组突变生信数据库——MyCancerGenome 小伙伴们大家好,今天为大家安利一个临床&生信均适用的肿瘤综合性数据库——MyCancerGenome(MCG)(mycancergenome.org/),该数据库于2011年1月由William Pao和Mia Levy博士创建的全美第一个精确的癌症医学知识资源。为我们提供了癌症相关基因及特定癌症相关...
OncoKB(Precision Oncology Knowledge Base)网址:https://www.oncokb.org/,该数据库由Memorial Sloan Kettering Cancer Center开发并维护,以肿瘤患者基因突变为核心,收录突变对应的靶向药物使用、生物学与肿瘤学效应,以及突变在人群中分布频率和临床预后特征等信息。OncoKB数据来源包括FDA、NCCN、ASCO或ESMO会议论文、肿瘤领...
最重要的,也是TCGA显著优于其他肿瘤数据库的就是,TCGA中的每个样本都有丰富、准确的临床数据,包括我们最为关心的随访时间、肿瘤分期、病理类型等重要临床信息。 总所周知,肿瘤的发生与基因突变有很大关系,相关基因的点突变、小片段缺失和插入,引起了密码子的同义、错义、终止和移码的突变现象,导致基因表达的蛋白质由...
mSignatureDB是一个肿瘤突变特征的数据库,以COSMIC数据库中收录的30种突变特征作为参照,分析了来自TCGA和ICGC中约15000多个肿瘤样本中这30种突变特征的构成,文章发表在Nucleic Acids Research上,链接接如下
Human Somatic Mutation Database(HSMD)提供了一个综合性肿瘤体细胞突变位点查询数据库。该数据库收录了来自30万真实世界肿瘤病例的27万+体细胞突变位点、11万篇已发表专业文献报道的100万+体细胞突变位点、覆盖1,476个基因、10,831种肿瘤亚型、1,946种药物信息和7,031个临
COSMIC 数据库灵活整合到 NGS 分析流程 1、二级分析 基于COSMIC 注释信息,在成千上万个变异位点中快速筛选出已报道过的潜在体细胞突变,点击 COSMIC IDs 获取网页详细注释信息。 2、三级分析 基于COSMIC 收录的 1,500 种肿瘤类型,注释基因和变异位点在特定肿瘤中的频率;基于 COSMIC 汇总的4,900,000 多个编码区变异...
mutagene是一个肿瘤突变频谱数据库,从ICGA, TCGA等肿瘤项目中收集整理蛋白编码基因上的体细胞突变数据,分析识别对应的突变频谱,对应的文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下 https://academic.oup.com/nar/article/45/W1/W514/3796332
分解后,cosmic数据库里面的每个signature的比例如下: 突变特征的cosmic数据库30个 但是很多时候,大家会觉得cosmic数据库30个signature的生物学意义并不好,会尝试自己分解出来自己的signature。比如:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》这个文献里面的: ...
KRAS基因,携带者占所有患者的15%,有90%的胰腺癌患者和44%的结肠癌患者都携带它的突变。 高效的测序也降低了后续分析的难度 据了解,国内很多研究机构、企业也在建立中国人群的肿瘤突变数据库。根据自身机构的优势,选择某一种或者几种肿瘤作为重点研究的对象。数据质量是数据库的核心,检测肿瘤基因突变是最重要环节之一...