TCGA数据库挖掘肿瘤相关基因突变(1) TCGA(The Cancer Genome Atlas)是美国国家癌症研究所(NCI)和美国人类基因组研究所(NHGRI)共同开发的大型肿瘤研究项目,旨在通过应用高通量、多组学的肿瘤基因组分析技术,加深人类对肿瘤的认知,从而提高肿瘤的预防、诊断和治疗。 TCGA目前收录了66种原发肿瘤的相关数据,涉及的研究对象...
OncoKB(Precision Oncology Knowledge Base)网址:https://www.oncokb.org/,该数据库由Memorial Sloan Kettering Cancer Center开发并维护,以肿瘤患者基因突变为核心,收录突变对应的靶向药物使用、生物学与肿瘤学效应,以及突变在人群中分布频率和临床预后特征等信息。OncoKB数据来源包括FDA、NCCN、ASCO或ESMO会议论文、肿瘤领...
比较了现有声称可做肿瘤基因组数据分析的多个在线工具和数据库,从后台数据量、分析工具种类、分析结果准确度、可视化界面以及简易程度等多个指标进行综合测评后,发现了一个super好用,又super专业的分析网站—cBioPortal,堪称TCGA数据挖掘的终结者。 cBioportal cBioPortal (http://www.cbioportal.org/)由Memorial Sloan Kette...
至此,即完成了 Cosmic 数据库的注释,可知:某体细胞突变,在此前文献中是否出现过,出现在什么癌种,出现了几次。结果如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 ID=COSV58736910;OCCURENCE=2(thyroid)ID=COSV100633201;OCCURENCE=1(skin)ID=COSV58736947;OCCURENCE=1(large_intestine)ID=COSV100633198;OCCURENCE...
首先是临床样本数据库,其中一个比较好用的数据库是InternationalCancer Genome Consortium (ICGC)(网址:/),在里面可以查询自己想要查询的基因在临床样本里的突变情况。如图演示,打开主页,可进行快速搜索,也可以高级搜索, 在快速搜索里输入想要查询的基因名称,以KRAS为例。 可以看到KRAS的摘要,一些基本信息和注释,注释包...
肿瘤基因突变：从NEJM到COSMIC数据库介绍今天的内容之前，我们先介绍两个概念：1. Somatic Mutation（体细胞突变）Somatic mutations are a result of changes in the DNA of somatic cells, also called body cells,of an organism, and not in the germ cells. Examples of body cells include the cells of ...
数据库的网址如下 http://oncokb.org/ 该数据库以基因为中心,提供了每个基因上的变异,相关肿瘤类型,实验证据等信息,示意如下 根据实验证据的来源和可信度,划分为下图所示的不同等级 其中level1和level 2A是具有临床意义的基因组变异,通过Actionable Genes菜单,可以查询基因组变异与...
Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台,旨在挖掘癌症基因信息。Oncomine拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息,可以帮助确定研究方向。如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想...
作者:药明康德美国国家癌症研究所brca2基因突变数据库信息基因变异brca基因临床医生 摘要:日前,美国国家癌症研究所(NCI)宣布启动BRCA Exchange。这是一个汇集了全球成千上万个遗传性BRCA1和BRCA2基因变异信息的数据库。大众可以通过一个网站和一款智能手机app来获取数据库中的信息。这一数据资源让临床医生们可以参考专家...
这个数据库主要可以进行三个方面的分析:(i) 免疫的相关性分析;(ii)肿瘤基因的扩展(类似于GEPIA的分析);(iii) 上传自己的数据进行免疫情况评估。 免疫相关评价 在免疫相关评价这里,我们可以分析在TCGA当中:1. 基因表达和某一类免疫细胞的相关性; 2. 基因的突变对于和免疫情况的关系; 3. 基因拷贝数的变异和免疫...