随着生物医药大数据、人工智能的蓬勃发展,生物医药系统性研究成为新的研究趋势。在这一背景下,网络药理学——这门基于系统生物学与生物信息学理论的新兴交叉学科,正逐渐崭露头角。网络药理学不仅与中医药学的整体观念高度契合,更为解决中药“多成分、多靶点、多效应”...
因此,除了看结合能之外,还引入了另一个评价指标,有人认为还应该纳入氢键数量作为评价指标,这也是为什么我们除了看对接结果外,还要返回去看化合物与蛋白间的构象的原因。常见的误区是认为只要没有氢键连接的分子对接结果不好,其实这种看法也是欠妥当的。即便没有氢键连接,只要结合能够低,也是作为小分子与靶蛋白质有结合...
分子对接后生成活性位点位置,并计算结合能和氢键数。结合能为负值说明小分子药物配体可以与受体靶点蛋白自发结合,结合能越小说明结合越稳定,结合能<−17.782 kJ/mol即为能较好结合。用OpenBabel将对接好的文件转换为PDB格式,通过PyMOL(3D,Versio...
“remove organic”去除原配体小分子,接下来进入正式的分子对接,可主要分为五大步骤:第一步、准备蛋白与小分子pdb文件,进入RCDB PDB网站(rcsb.org/),输入“MMP3“,可以看到大分子为溶剂存在条件,之后我们会进行处理不用担心,下载MMP3的pdb文件;小分子也可在PDB网站中检索,若无结果,可在PubChem网站(pubchem.ncbi...
分子对接 根据对核心靶点和关键活性成分的分析,选择黄酮类橙皮苷和生物碱四氢巴马汀分别与DRD2 (PDB ID: 6CM4)和KCNQ1 (PDB ID: 5VMS)进行分子对接。使用AutoDock Vina进行分子对接,其结合能与配体-受体结合亲和力呈正相关,本研究中所有化合物-靶对之间的得分均小于6 kcal/mol,表明相应化合物与靶标之间具有较...
5. 分子对接 在每个复方的前10个化合物中,我们选择了9个复方中出现次数大于等于5次的化合物,包括谷甾醇、山柰素、木犀草素、槲皮素、豆甾醇、shinpterocarpin、wogonin、baicalein、和鸢尾酮,进行分子对接(表5)。9个化合物与ACE2对接结果见表6。各化合物与ACE2的结合自由能均小于0,说明9个化合物都能很好地与...
本研究通过构建小儿风热清合剂(口服液)防治甲流的“药物–活性成分–潜在靶点”网络,筛选出小儿风热清合剂(口服液)防治甲流的关键成分以及潜在靶点,通过功能富集来揭示其影响的信号通路和调控功能,利用分子对接技术从空间结构上验证这些成分与潜在靶点之间的相互作用,从而为小儿风热清合剂(口服液)防治甲流提供一定的理论...
分子对接是预测配体与靶点结合亲和力的有效计算方法,可用于验证网络药理学的筛选结果。因此,本研究拟采用网络药理学和分子对接的方法,探索儿童清咽解热口服液抗上呼吸道感染的可能药效成分、靶点和分子机制,最后进行实验验证。 1材料 RAW264.7细胞(批号CL-0190)购自普诺赛生物科技有限公司;CCK-8试剂盒(批号C0037)购自...
2.5分子对接 对接分数值小于−4.25 kcal/mol(1 cal=4.4 J)表示两者间有一定的结合活性,小于−5.0 kcal/mol表示有较好的结合活性,小于−7.0 kcal/mol表示有强烈的结合活性[11]。分子对接结果显示,原百部碱、黄柏内酯、大豆素、百部生物碱、异原百部碱等化学成分与表皮生长因子受体(EGFR)、CXC趋化因子配体8(...
分子对接是预测配体与靶点结合亲和力的有效计算方法,可用于验证网络药理学的筛选结果。因此,本研究拟采用网络药理学和分子对接的方法,探索儿童清咽解热口服液抗上呼吸道感染的可能药效成分、靶点和分子机制,最后进行实验验证。 1材料 RAW264.7细胞(批号CL-0190)购自普诺赛生物科技有限公司;CCK-8试剂盒(批号C0037)购自...