药学等基础研究水平,将直接限制网络药理学的系统分析结果;又如网络药理学研究过程中使用的数据、算法也对学术研究结果的可靠性、准确性提出了挑战;同时,网络药理学学术研究尚未完全规范的分析过程,也导致了部分研究结果缺乏足够的学术价值。
配体结合蛋白时候的热力学、动力学性质又极度复杂,而分子对接就是一个虚拟模拟的过程,与实际情况略有差别,这也是分子对接的结果存在许多假阳性结果的原因。很多小分子化合物在计算机模拟的时候结合效果很好,但实际上并没有任何活性。因此,除了看结合能之外,还引入了另一个评价指标,有人认为还应该纳入氢键数量作为评价指...
对接配合物的分子动力学评价 以上4种对接配合物的100ns分子动力学模拟表明,橙皮苷与DRD2具有很好的结合能力,其结合自由能为-51 kcal/mol;橙皮苷与KCNQ1具有良好的结合能力,其结合自由能为−39 kcal/mol;四氢巴马汀与DRD2具有良好的结合能力,结合自由能为−28 kcal/mol;四氢巴马汀与KCNQ1的结合能力较弱,结合...
分子对接是研究小分子药物与靶点蛋白受体之间的相互作用及亲和力的模拟计算方法。分子对接可以作为网络药理学的进一步验证,二者互补地用于中药研究[18]。本研究通过分子对接模拟鸦胆子已鉴定组分与其可能靶标蛋白的分子相互作用并计算结合力。鸦胆子苦醇...
使用网络药理学和分子对接预测Rk1+Rg5对T2DM的靶点和信号通路。利用db/db小鼠模型和PA诱导的L6细胞模型进行体内外实验验证。通过分子对接分析Rk1和Rg5与Akt1的结合亲和力。检测Rk1+Rg5对db/db小鼠血糖、血脂、体重、食物摄入量的影响。评估Rk1+Rg5对骨骼肌葡萄糖摄取和GLUT4表达的影响。利用RNA测序分析PA诱导的L6...
根皮苷在分子对接结果中显示出与中心基因的高结合活性。作者发现五个中心基因的mRNA水平在CRC组织中显著表达,并且ILIB的预后价值显著不同(p值<0.05)。随着病理分期的演变(从I期到IV期),IL1B的mRNA表达逐渐减少,而NOS3的mRNA表达逐渐增加。以上分析结果基本与文献报道一致。对这篇网络药理学结合ceRNA的纯生信文章感...
研究思路:利用网络药理学和分子对接,确定具有抗焦虑和抗抑郁潜力的药材。进一步筛选出具有细胞保护作用和无毒特性的草药,配制成草药混合物。随后,建立PC12细胞损伤模型和小鼠慢性不可预测轻度应激(CUMS)模型,以评估配方的效果。结果初步筛选了十种药材,其中六种适合配制混合物,即甘草、大枣、钩藤、桑叶、黄芪和金银花(GDG...
分子对接是预测配体与靶点结合亲和力的有效计算方法,可用于验证网络药理学的筛选结果。因此,本研究拟采用网络药理学和分子对接的方法,探索儿童清咽解热口服液抗上呼吸道感染的可能药效成分、靶点和分子机制,最后进行实验验证。 1材料 RAW264.7细胞(批号CL-0190)购自普诺赛生物科技有限公司;CCK-8试剂盒(批号C0037)购自...
网络药理学是一种生物信息学方法,是系统药物研究的一个新兴领域,试图了解药物的作用和与多个靶点的相互作用。网络药理学将“单靶点单药”的范式转变为高效的“多靶点药物”。其研究可以用于生物活性小分子的筛选、靶标鉴定、代谢途径鉴定、蛋白-蛋白相互作用网络分析、枢纽基因分析以及寻找化合物与靶标蛋白之间的结合亲...
中医理论将皮肤瘙痒症分为风痒、湿痒和热痒、虫毒致痒等分型,肤疾洗剂组方符合皮肤瘙痒证病机,能够抑制局部皮肤致病菌群定殖,但其作用的分子机制目前尚未清晰。网络药理学能够揭示中药复方多成分、多靶点、多途径作用的机制,有助于丰富中药复方肤疾洗剂的科学内涵[7]。本研究通过网络药理学联合分子对接技术,以肤疾...