细菌RNA-seq是一种高通量测序技术,用于检测细菌转录组的全面表达情况。为了进行RNA-seq分析,需要使用一个参考序列来比对测序reads,并确定其来源基因。常见的细菌RNA-seq参考序列来源有以下几种: 已公开的细菌基因组序列。 这些基因组序列通常可以从公共数据库中获取,如NCBI GenBank等。这些数据库中包含了大量已测序的...
近年来,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术被广泛应用于异质性样本的转录组研究,但由于细菌RNA具有短半衰期、低丰度及细胞壁的特殊性,相关研究主要集中在浮游细胞状态,难以深入分析生物膜中的细菌群体。 2024年11月,美国内布拉斯加大学医学中心病理学、微生物学与免疫学系的Lee E. Korshoj和Tammy Kielian在Nature Communi...
RNA-seq是一种高通量的测序技术,用于研究细胞在特定条件下基因表达的变化情况。通过将细胞中的mRNA转录为cDNA,并进行测序,可以得到准确的基因表达数据。为了准确地定量和比较基因的表达水平,需要将测得的cDNA序列与参考基因组序列进行比对和匹配。 为什么需要细菌RNA-seq参考序列? 细菌RNA-seq参考序列的主要作用是为...
今天解读的这篇文章出自华南理工大学,是研究纤维弧菌的,作者只做了4个样品的RNA-seq,并且无生物学重复,也发了4.5分。 而这篇文章所有的RNA-seq分析都是在基迪奥做的,那作者究竟是怎么做到的,我们来分析一下。 这篇文章发表在《Bioresource technology》杂志上,IF(2014):4.49 利用木聚糖共培养纤维弧菌和微藻可促进...
单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)在细菌检测中的应用较为有限,尤其在检测大规模的细菌群体以及描述细菌群体内的异质性时存在一定局限性,探索新的细菌单细胞测序方法对于研究微生物系统至关重要。近日,美国麻省理工学院-哈佛大学的博德研究所的研究者们在《Cell》期刊发表了一项研究,报道了一种高度可扩展的细菌单细胞RNA-...
T7 RNA Pol的染色质免疫沉淀显示在pT7处有强富集,而RNA-seq分析进一步证实了这种人工TU的强诱导作用(图2b)。由于T7 RNA Pol对细菌RNA Pol抑制剂利福平不敏感,作者推断用该药物治疗细胞应该突出由T7启动子诱导的单个转录单位,因为全基因组转录被关闭。在利福平存在的情况下,RNA-seq和T7 RNA pol染色质免疫沉淀...
分组设计:构建PBS、PGE/Se@OMV-CD47nb+RA和anti-CD47处理的皮下成瘤小鼠模型,利用流式细胞术FACS分选巨噬细胞,进行RNA-seq。 研究思路 研究结论 改造的工程细菌OMV-CD47nb在肿瘤部位进行局部放射治疗时,可以安全有效地精准释放到TME中; OMV-CD47n...
高通量单菌种单细菌转录组测序(MscRNA-Seq)是指利用高通量测序技术对单个细菌细胞的全部转录本(即RNA分子)进行并行检测和分析的过程。这一技术允许研究人员在单细胞分辨率下捕获和量化特定菌种或单一细菌细胞内的转录活性,进而深入探索细菌在不同条件或生长阶段下的基因表达模式、细胞功能状态、对不同环境刺激的转录响应...
“我们使用RNA-Seq和qPCR检测了患者全血基因表达水平,用Bonferroni-corrected Wilcoxon实验鉴定了细菌感染的基因差异性,限制性逻辑模型所预测的细菌感染符合LASSO(Least Absolute Shrinkage and Selection Operator)。RNA-Seq和qPCR证实,细菌性下呼吸道感染中有10个已知基因的表达发生显著差异。” ...
ADAR-recruiting RNA, arRNA）即可招募细胞中内源脱氨酶ADAR，实现靶向目标RNA中腺苷A→肌苷I（鸟苷G...