使用测序 (scATAC-seq) 技术对转座酶可及的染色质进行单细胞测定,可在单细胞分辨率下深入了解基因调控和表观遗传异质性,但由于数据的高维性和极度稀疏性,scATAC-seq 的细胞注释仍然具有挑战性。现有的细胞注释方法大多集中在细胞峰矩阵上,而没有充分利用底层的基因组序列。 在这里,中山大学与重庆大学的研究人员提出...
《时空云课堂》是华大时空推出的线上培训课程,聚焦时空组学技术,涵盖技术原理、实验流程、数据分析、技术应用等模块,致力于帮助更多科研工作者利用时空组学技术开展创新研究。《时空云课堂》第二辑为“生信专题”,主要内容包括细胞注释方法和常用数据库讲解、Stereopy
第一种方法是基于Marker基因的细胞自动注释,依据一些特定基因来对细胞进行标记,判定细胞类型,选定的Marker基因或基因集应当具有细胞类型特异性并且能够稳定表达的。因此,该方法非常依赖Marker的准确性。获取Marker基因的方法有很多种,通常可以从一些公共数据库或者文献中得到。CellMarker[2]和PanglaoDB[3]是较为常见的存储...
SingleR package注释法中参考数据来源与package自带的数据,因此有较大的局限性,如果要自定义参考数据则需要采用Garnett法。 Garnett法是利用基于机器学习训练分类器,利用训练好的分类器对细胞类型进行分类。其本质类似于气泡图注释法,利用分类器对气泡图进行更准确的判断。 第一步 制作marker file(txt文件) 格式如下 >...
由于我对肝脏组织不熟悉,并且肝脏组织里面的命名方式和我们基本的命名方法也有些区别,所以是基于chatGPT整理了gene_list后结合在线注释网站进行的单细胞亚群注释 手动注释结合在线注释网站使用 在线注释网站的使用步骤: 获取每一簇的TOP基因 确定选择分群的resolution,然后取得对应的Marker基因 #取出marker基因去ACT官网注释...
本文讨论了六种方法辅助单细胞注释。另外写了一个函数一键式进行singleR注释,两句代码即可得到singleR注释结果: 自编函数和数据后台回复单细胞即可获取。 上回说到有待讨论的几个问题:见单细胞下游实战(一) 归一化时的注意事项,由于变异来源很多(包括RNA,线粒体基因,核糖体基因,...
细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键,传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间,再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类,最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标准,很大程度上受到研究人员偏好的影响。此外,移除批次效应的同时保留生物学差异也是单细胞研究的难点。幸而,...
大家做过单细胞的都深有体会,目前大多数的单细胞分析都依赖于手动注释,不仅耗时长、复现性又差。随着技术的进步,一些自动化注释的方法出现了,我们发现一篇比较22种单细胞自动注释的方法,特地分享给大家:来自莱顿大学计算生物学中心的Tamim Abdelaal团队在Genome Biology上发表题为:A comparison of automatic cell ident...
具体的方法是,首先使用这些软件分别整合斑马鱼和青蛙图谱数据,然后利用参考物种斑马鱼中细胞的细胞类型注释训练了一个逻辑回归分类器来预测青蛙的细胞类型,如果预测与已知的蛙细胞类型相匹配,则认为是正确的。首先如Fig. 3上图,第一行的umap中不同的颜色代表的是不同的细胞类型,第二行的umap中的不同颜色代表的是青蛙...
2、首先,目前基因转录组的测序信息不能直接被用于细胞功能鉴定;例如使用流式分选得出的多个细胞,采用这些细胞的单细胞转录组测序信息进行注释后,发现注释出的细胞群比例和起初使用流式分选得出的细胞群比例不同;其次,目前依赖传统已知的细胞表面生物标志物无法完全覆盖组织内的各精细细胞亚群,无法完全解析各细胞亚群的生物...