技术平台:ChIP-seq、RNA-seq数据分析等 研究摘要: 高温胁迫导致作物雄性不育,从而降低产量。为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3)...
Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今天大师姐就带着大家,尝试用这些网站探索特定修饰的组蛋白是否参与...
该研究通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)揭示了H3K36me修饰对高温诱导的拟南芥植物的可变剪接(Alternative splicing ,AS)和开花具有重要的调控作用。
组蛋白甲基化修饰是一种重要的表观遗传学调控机制,参与基因转录调控过程。其中H3K4me3、H3K36me3与基因激活相关。2012年,来自西班牙、意大利等国科学家组成的研究团队,利用ChIP -Seq测序技术检测了全基因组范围的H3K4me3、H3K36me3组蛋白修饰情况,结合转录组测序技术,鉴定了在胰岛组织及β细胞中特异性表达的lncRNA。
一般来说,ChIP得到的DNA fragment丰富度较低,大数据量测序意义不大。按照ENCODE目前标准:转录因子建议有20 M以上的可用reads;不同组蛋白标准不一,基本在20 M-45 M可用reads。 ChIP-seq的实验过程较为复杂,早期文章中往往缺少重复样本的设置。不过为了提高文章结论的可信度,目前的分析标准中通常推荐有2个以上的生物学...
ChIP-seq技术简介,爱基百客在ChIP-seq上有丰富的项目经验。有需求,找爱基百客。, 视频播放量 745、弹幕量 0、点赞数 6、投硬币枚数 0、收藏人数 28、转发人数 4, 视频作者 爱基百客, 作者简介 项目咨询加微:wangwei12122010,相关视频:组蛋白修饰的研究策略,爱基百客 |
组蛋白修饰chipseq和转录因子chipseq区别是形状不同。1、组蛋白修饰chipseq是圆形，点状结合和更长的染色质结构域。2、转录因子结合是棱形，它的特征峰，峰型高，而且窄。
基因功能分析:DAP-seq与H3K4me3 ChIP-seq的协同效应/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/ 319 -- 20:20 App 01C 猪免疫分子:抗体的制备 1.8万 3 10:46 App 倪海厦:男人失精该如何补精藏精?? 3323 -- 3:04 App 姐姐今天讲SQL语法中的Order By和怎么使用An...
Chip-Seq组蛋白修饰实验流程。 1.样品准备。 选择合适的细胞或组织样品。 交联固化染色质,使用甲醛交联染色质,保留组蛋白-DNA相互作用。 2.染色质破碎。 将固化的染色质破碎成小片段,使用超声波或酶切技术将染色质破碎成200-500bp的片段。 3.免疫沉淀。 选择针对特定组蛋白修饰的抗体。 将破碎的染色质与抗体孵育...
基于ChIP-seq差异组蛋白修饰区域的筛选 第12卷第2期2014年6月生物信息学ChineseJournalofBioinformaticsVo1.12No.2Jun.,2014doi:10.3969/j.issn.1672—5565.2014.02.12基于ChIP—seq的差异组蛋白修饰区域的筛选祝让飞,刘洪波,苏建忠,王芳,崔颖,张岩(哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨150081)摘要:组蛋白修饰是...