Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今天大师姐就带着大家,尝试用这些网站探索特定修饰的组蛋白是否参与...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
基于ChIP-seq的差异组蛋白修饰区域的筛选 组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰,随着ChIP-Seq的广泛使用,高通量数据的积累,为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样... 祝让飞,刘洪波,苏建忠,... - 《生物信息学》 被引量: 4发表: 2014年 评"外显子跳跃模式中组...
我们在其中找到HepG2,点选后就能在最后一项Factors选项中,查看数据库中包含的H3表观遗传修饰形式啦。我在其中翻看了一下这里包括乙酰化修饰形式的类型,有H3K9ac和H3K27ac等常见乙酰化修饰位点数据。 图片来源:Cistrome DB 下面我们对这两种乙酰化修饰类型的组蛋白ChIP-seq数据进行一下查看和整理。分别点击H3K9ac和H3...