组蛋白修饰可以通过标记特定的基因组位点来表观调控转录,这些位点可以通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)来绘制。本文介绍了QHistone,这是一个包含拟南芥中27种组蛋白修饰的1534个ChIP-seq的预测数据库。QHistone提供了三个关键功能:首先,QHistone利用机器学习预测查询蛋白的表观基因组特征,这些特征由与其最相关的组蛋白...
这里实现的方式就是用先Homer中的mergePeaks将两组peak数据的bed文件合并,这里生成三个文件,可以理解未两组数据的韦恩图中的三块,我们这里暂时只需要用到中间取交集的数据,但不过问题在于,我们并不能直接把这个数据拿来用。
为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3)的组蛋白甲基化图谱。分析结果表明,在高温处理的棉花花药中,H3K4me3和H3K27me3修饰,特别是H...
因此,组蛋白标记的调节及其对修饰特异性结合蛋白关联的影响是一个持续关注的领域。 确定组蛋白修饰的作用通常涉及分析修饰的丰度及其相互作用的结合伙伴。 组蛋白修饰的ChIP-Seq鉴定 ChIP-Seq 已成为一种稳健、常规和全面的技术,用于研究和测量整个基因组中的各种翻译后组蛋白修饰。 这些修饰,包括甲基化、 乙酰化 、...
技术平台:ChIP-seq、RNA-seq数据分析等 研究摘要: 高温胁迫导致作物雄性不育,从而降低产量。为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3...
技术平台:ChIP-seq、RNA-seq数据分析等 研究摘要: 高温胁迫导致作物雄性不育,从而降低产量。为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3...
Chip-Seq组蛋白修饰实验流程。 1.样品准备。 选择合适的细胞或组织样品。 交联固化染色质,使用甲醛交联染色质,保留组蛋白-DNA相互作用。 2.染色质破碎。 将固化的染色质破碎成小片段,使用超声波或酶切技术将染色质破碎成200-500bp的片段。 3.免疫沉淀。 选择针对特定组蛋白修饰的抗体。 将破碎的染色质与抗体孵育...
为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3)的组蛋白甲基化图谱。分析结果表明,在高温处理的棉花花药中,H3K4me3和H3K27me3修饰,特别是...
技术平台:ChIP-seq、RNA-seq数据分析等 研究摘要: 高温胁迫导致作物雄性不育,从而降低产量。为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3...
组蛋白甲基化修饰是一种重要的表观遗传学调控机制,参与基因转录调控过程。其中H3K4me3、H3K36me3与基因激活相关。2012年,来自西班牙、意大利等国科学家组成的研究团队,利用ChIP -Seq测序技术检测了全基因组范围的H3K4me3、H3K36me3组蛋白修饰情况,结合转录组测序技术,鉴定了在胰岛组织及β细胞中特异性表达的lncRNA。