但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
原作者将该方法的详细版本发表在Bio-protocol期刊,欢迎大家进入Bio-protocol期刊直接与作者交流。 简介 在这篇Bio-protocol文章中,来自比利时微生物和植物遗传研究中心(CMPG)和法国巴黎-萨科莱植物科学研究所(IPS2)的科研人员共同为我们阐述了一种高度稳定的、在拟南芥植株中进行组蛋白修饰的ChIP-seq方法。 亮点 1. ...
基因功能分析:DAP-seq与H3K4me3 ChIP-seq的协同效应/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/ Ai张蒙 17 0 模式与非模式物种:DAP-seq技术的广泛应用/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/高通量测序/转基因/SCI Ai张蒙 ...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
为了测定全基因组的组蛋白修饰,ChIP-seq技术是一种有效的方法。因此,通过比较两个ChIP-seq文库可以识别潜在的DHMSs。 结果:我们的目的是识别DHMSs,提出一种称为ChIPDiff的方法来通过ChIP-seq测定的数据全基因组比对组蛋白修饰位点。基于观察的ChIP片段数,提出了一个隐马模型的方法推断每个基因组位置的组蛋白修饰变化...
通过分析RNAseq和ChIP-seq数据,发现了组蛋白修饰在内含子和外显子区的相关性.基于组蛋白修饰间的联合条件概率,采用贝叶斯网络方法构建了与可变剪接相关的组蛋白修饰... 黄健 - 《电子科技大学学报》 被引量: 0发表: 2022年 衰老过程中组蛋白修饰的差异分析 修饰在衰老中的调控作用,筛选受四种组蛋白修饰直接作用的...
ChIC-seq方法不依赖于超声断裂和免疫共沉淀等步骤,方法简单快速,可以实现分析单个细胞的染色质表观修饰特征,是ChIP-seq的很好的替代技术。目前,在动物细胞系中已经建立了很多单细胞ChIC-seq方法,包括scChIC-seq, CUT&Tag, CoBATCH和ACT-seq等等。但是,由于植物细胞壁等结构特性,目前还未见植物单细胞ChIC-seq方法的...
②分析数量大,成本较低 单细胞RNAseq受成本等因素限制,所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右,而流式质谱技术一次(单样本)就可分析至少10^5的细胞,实现了数量级的提高,且成本不高于单细胞RNAseq。 ③应用前景大 a)流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化,在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景...
ChIP-Seq 分析中的一种常见方法是获取实验样本(疾病样本)和参考样本(健康样本)的 ChIP-Seq 配置文件,并比较它们以识别组蛋白修饰模式的差异。 然后这些可用于建立参与发育或疾病中发生的各种过程的基因或调节机制。 辉骏生物提供的ChIP染色质免疫共沉淀服务分为以下两种: ...
方法:微量ChIP-seq 摘要: 减数分裂(细胞分裂方式)是生物细胞中染色体数目减半的分裂方式,基因转录和染色质结构的重编程在调节植物减数分裂进程具有非常重要的调节作用。由于常规染色质免疫沉淀(ChIP)实验需要的细胞量较多,植物雄性减数分裂细胞的染色质分析尚未完全阐明,导致染色质修饰影响减数分裂基因表达机制仍不清楚。本...