HapMap_3_r3_11.bed HapMap_3_r3_11.bim HapMap_3_r3_11.fam HapMap_3_r3_11.log 6. 注意 这里讲亲子关系的个体移除,不是必须要的,比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体,想要进行分析,不需要做这一步的筛选。 相关系列:
1. 6. 注意 这里讲亲子关系的个体移除,不是必须要的,比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体,想要进行分析,不需要做这一步的筛选。
这是我的GWAS学习笔记,更新到了6-2 2. GLM模型 GLM的手动计算GWAS分析的主要步骤: 1,将SNP的分型转化为0-1-2(0位次等位基因),数字格式(x变量) 2,将性状观测值作为y变量(GLM一般分析连续性状) 3,对y~x做回归分析,计算x的回归系数(Effect)和显著性(P-...
这是我的GWAS学习笔记,更新到了6-2,更多专栏内容,拉到最后,点击链接阅读,或者点击开头的专辑。❞ 2. GLM模型 GLM的手动计算GWAS分析的主要步骤: 1,将SNP的分型转化为0-1-2(0位次等位基因),数字格式(x变量) 2,将性状观测值作为y变量(GLM一般分析连续性状) 3,对y~x做回归分析,计算x的回归系数(Effect)...
「6-2」 ❝这是我的GWAS学习笔记,更新到了6-2,更多专栏内容,拉到最后,点击链接阅读,或者点击开头的专辑。 ❞ 2. GLM模型 GLM的手动计算GWAS分析的主要步骤: 1,将SNP的分型转化为0-1-2(0位次等位基因),数字格式(x变量) 2,将性状观测值作为y变量(GLM一般分析连续性状) ...
maf直接是对基因频率进行筛选而哈温平衡检验则是根据基因型推断出理想的aaattt的分布然后和实际观察的进行适合性检验然后得到p值根据p值进行筛选 笔记GWAS操作流程2-4:哈温平衡检验 「什么是哈温平衡?」 ❝ 哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则 哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则是群体遗传中最重要的原理,它解释了繁殖...
HapMap_3_r3_6.bim HapMap_3_r3_6.hh 这里,我们根据最小等位基因频率(MAF)去筛选。 「为什么要根据MAF去筛选?」 ❝ 最小等位基因频率怎么计算?比如一个位点有AA或者AT或者TT,那么就可以计算A的基因频率和T的基因频率,qA + qT = 1,这里谁比较小,谁就是最小等位基因频率,比如qA = 0.3, qT = 0.7,...
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可以看出,51个个体被移除。 5. 结果文件 HapMap_3_r3_11.bed HapMap_3_r3_11.bim HapMap_3_r3_11.fam HapMap_3_r3_11.log 6. 注意 这里讲亲子关系的个体移除,不是必须要的,比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体,想要进行分析,不需要做这一步的筛选。
这是我的GWAS学习笔记,更新到了6-2 2. GLM模型 GLM的手动计算GWAS分析的主要步骤: 1,将SNP的分型转化为0-1-2(0位次等位基因),数字格式(x变量) 2,将性状观测值作为y变量(GLM一般分析连续性状) 3,对y~x做回归分析,计算x的回归系数(Effect)和显著性(P-value) ...