空间转录组测序的工作流程由多个关键步骤组成。首先，样本的收集与组织切片制备至关重要，以确保后续实验数据的准确空间定位。显微镜下对切片进行精确标记，确保实验数据的空间准确性。随后，加入特定探针并进行RNA捕获与扩增。通过高通量测序技术，实现对提取总RNA的深度测序，获取每个位置的转录组信息。在数据...
空间转录组流程 空间转录组流程是一种高通量的基因表达分析技术,可以同时检测 数千个基因的表达水平。该技术的流程包括样品准备、RNA 提取、 RNA 质量检测、RNA 文库构建、高通量测序和数据分析等步骤。 样品准备是空间转录组流程的第一步。样品可以是细胞、组织或者 生物体的某个部位。在样品准备过程中,需要注意避免...
优选地,在步骤(2)中,通过空间转录组技术对每个组织切片中被载玻片捕获区域内的寡核苷酸链捕获并标记唯一分子标识符umi和特殊空间条形码的mrna进行测序,得到空间转录组数据。 优选地,在步骤(3)中,所述根据所述空间转录组数据进行标准数据分析包括以下步骤: 对空间转录组数据采用fastp软件过滤获得可直接用于后续分析的测...
文章首先基于CellChat内置的配体-受体相互作用数据库和空间转录组(Spatial transcriptomics, ST)数据,使用Wasserstein距离与置换检验定义了已知配体-受体相互作用的空间距离倾向性,将其分为长程和短程相互作用。然后,文章基于该空间距离倾向性,构建了一个综合的流程以评估CCI预测方法结果的准确性。对每一套配对scRNA-seq与...