MPO与IBA1的组合足以证实双阳性细胞频率高的患者的存活时间显著延长. 总而言之,该研究揭示了与胶质母细胞瘤患者存活相关的细胞邻域,确定了髓过氧化物酶(MPO)阳性巨噬细胞的独特群体,表征了原发肿瘤和不同实体癌脑转移之间免疫景观的差异,以空间分辨率与单细胞分析整合的形式为肿瘤微环境研究提供了生物学见解。 文章S...
为了实现这一目标,则需要分析niche-LR,这是一种将niche-DE统计数据与Niche-net配体-靶矩阵相结合的方法,以识别细胞类型之间的配体-受体信号通道。分析表明Niche-LR可以恢复基于SPOT的空间转录组数据的细胞-细胞信号相互作用,其中每个SPOT可能是细胞的混合物。 来看看结肠癌的数据分析情况,平台是10X Visium 首先第一步...
为了实现这一目标,则需要分析niche-LR,这是一种将niche-DE统计数据与Niche-net配体-靶矩阵相结合的方法,以识别细胞类型之间的配体-受体信号通道。分析表明Niche-LR可以恢复基于SPOT的空间转录组数据的细胞-细胞信号相互作用,其中每个SPOT可能是细胞的混合物。 来看看结肠癌的数据分析情况,平台是10X Visium 首先第一步...
有,如果数据库中有现成的单细胞测序数据,并且我们能有效利用数据库中现有的单细胞测序数据来分析,那么就可以零成本跨入单细胞测序的大门了。 目前数据库中有这样的数据吗? 有,以常见的GEO数据库为例,在GEO中,单细胞测序数据集覆盖正常组织、血液、胚胎等各类组织,肿瘤、炎症、神经疾病等各种常见病类型,人、小鼠、...
当然了,空间细胞定位的研究远不止这些,我这里列举几个,一方面强调空间研究的中细胞临近的重要性,另一方面也希望引起大家足够的重视,实现空间细胞临近关系的方法在10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性。 最后总结一下:
目前,两种最常见的空间转录组数据分析是空间可变基因分析和细胞型共定位分析。从Niche-DE分析得出的结论不包括空间可变基因分析或细胞-细胞相互作用分析。如果一个基因是(i, n) +生态位基因,它的index和生态位细胞类型没有按照一定的空间格局共定位,那么它可能不是一个空间可变基因。此外,索引细胞和生态位细胞不需要...
为了具体了解水泵空转对寿命的影响,我们收集了一些相关数据。据统计,水泵在空转时间超过5分钟后,机械密封就可能受到损坏。如果空转时间继续延长,轴承磨损和电机烧毁的风险也会逐渐增加。此外,水泵的转速也会影响空转损害的程度。一般来说,转速越高的水泵,在相同空转时间下受到的...
单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day3/filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_5D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day5/Day5_post-MI_filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_7D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4....
Moran’s I 指数用以评估一个基因的表达水平在空间上的分布是否呈现出聚集或分散的趋势,也称空间自相关性测量。Moran’s I取值范围为-1到1之间,其中-1表示完全的空间分散,0表示空间随机分布,1表示完全的空间聚集。 ### 执行 moran'I test 检测空间自相关基因进行特征选择: 这一步会有点耗时m= st.tl.spatial...
02 Visium分析空间基因表达特征 研究者分析了26个GBM Visium数据,总共提取了超过7万个spot的基因表达数据,对每个样本进行聚类成簇分析后,再通过跨样本间的整合分析将相似的簇聚成了一个metaprogram (MP)。结果鉴定了14个MP(图2): 1)8种恶性细胞类型:缺氧性的间质类型(MES-Hyp);间质类型(MES);神经祖细胞类型(...