GENT(medicalgenome.kribb.re.kr)收集了41000个癌症组织、癌症细胞系、和正常组织的芯片表达数据。并通图形化展示了在组织、细胞系中的表达模式。用户可以基于表达模式,找到一些表达异常的基因。用户可以根据基因名或者Affymetrix ID搜索。图1.5展示了ERBB2在癌症和正常组织中表达情况。此外,用户还可以同时搜索多个基因在...
目前,该数据库收录了体细胞突变、DNA拷贝数变异、基因表达、DNA甲基化、蛋白质丰度和临床等数据。这些数据主要来自于TCGA、CCEL(CancerCell Line Encyclopedia)和一些癌症研究工作。我们可以通过四步来进行数据的查询(如图1.4)。对于基因表达数据的分析主要包括了热图整体性展示(图1.5)、与其它数据(如拷贝数变化、DNA甲基...
该数据库总共包含三个在线分析和可视化功能模块:Gene Hotlndex、OnlineGSEA和CellLine Search,涵盖了PubMed的出版趋势、从公共数据集推断人类基因(或基因集)的基因富集分析、以及基于靶向基因的细胞系搜索。下面,就由小编来给大家依次介绍下这些模块的具体用法吧。 Gene Hotlndex Gene Hotlndex功能模块基于PubMed数据库...
GENT(http://medicalgenome.kribb./GENT/)收集了41000个癌症组织、癌症细胞系、和正常组织的芯片表达数据。并通图形化展示了在组织、细胞系中的表达模式。用户可以基于表达模式,找到一些表达异常的基因。用户可以根据基因名或者Affymetrix ID搜索。图1.5展示了ERBB2在癌症和正常组织中表达情况。此外,用户还可以同时搜索...
1)基因的基因信息,包含基因名、染色体等内容,如下图所示: 查询结果:基因的基因信息,包含基因名、染色体等内容 2)基因的dependency score和表达量。Dependency score越高表示细胞系特异性越高。如下图所示: 查询结果:基因的dependency score和表达量 3)基因在不同细胞系中的研究情况。点击相关横柱就能得到基因在细胞...
IT之家 12 月 4 日消息，据中科院官网，近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库 CancerSCEM 上线。据介绍，ancerSCEM 1.0 版本整合分析了 208 个癌症 scRNA-seq 数据集，涵盖肺腺癌（LUAD）、结肠直肠癌（CRC）、恶性胶质瘤（GBM）等在内的...
第一列和第二列为基因名,后续为各个细胞系中对应的基因表达谱数据 2)细胞系信息:Cell-line-annotation GDSC-4 3)药物信息:Compounds-annotation GDSC-5 4)每种药物在每种细胞中的IC50/AUC值:GDSC1-dataset;GDSC2-dataset GDSC-6 3. oncoPredict包分析 ...
⑤、Gene Expression in Normal Tissues:包括2个基因表达数据(GTEx和Protein Atlas)和1个蛋白表达数据(Protein Atlas) ⑥、Gene Expression in Cancer Cell Lines:列举了三个数据库中肿瘤细胞系中该基因表达情况(Cancer Cell Lines Encyclopedia (CCLE);Cosmic Cancer Cell Lines Project (CLP);Genentech dataset (GNE...
该数据库包括两个不同的组成部分:SCAR_ST,一个空间转录组图谱,包含来自21个肿瘤组织的数据,SCAR_Atlas,包含395个癌症亚型的单细胞图谱。设计了用于筛选肿瘤生物标志物和分析基因表达模式的其他模块。通过对公开可用的癌症数据集的广泛分析,SCAR作为癌症基因组学的多功能在线平台,使用户能够在组织、细胞和基因水平上...
IT之家12 月 4 日消息,据中科院官网,近日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库 CancerSCEM 上线。 据介绍,ancerSCEM 1.0 版本整合分析了 208 个癌症 scRNA-seq 数据集,涵盖肺腺癌(LUAD)、结肠直肠癌(CRC)、恶性胶质瘤(GBM)等在内的 20 种人类...