单细胞RNA测序数据将分为不同的细胞类型,具有特征性的CXCR4表达(图4A)。CXCR4表达在与微胶质细胞/单核细胞和T细胞相对应的细胞亚型中显著高表达(图4B;微胶质细胞/单核细胞调整p值<0.05,log2倍数变化=4.68,T细胞调整p值=2.57e-100,log2倍数变化=4.52)。然而,肿瘤细胞中也有明显的CXCR4表达(图4A),尽管表达水...
基质细胞和免疫细胞的表达程序在样本中是一致的,而恶性细胞的表达程序与缺氧、细胞周期、上皮分化和两种不同的转移模式有关。层次结构比较表明,SERPINE2与这些NNMF表达程序相关。SERPINE2在RCC组织中高表达,在瘤旁组织和HK-2细胞系中低表达。SERPINE2敲低可显著抑制RCC细胞的生长和侵袭,而SERPINE2过表达可显著促进R...
2. PTPRO 相关预后模型 PTS 的构建 通过分析来自GSE110686队列的 scRNA-seq 数据,确认了127 个 CD8 + T 细胞标记基因。随后在 TCGA 数据集中鉴定出以上127个基因中有56 个 CD8 + T 细胞相关基因与 PTPRO 显着相关。利用单变量 Cox回归分析筛选了31个与OS显著相关的基因,多变量 Cox 回归分析最终确定了 11 ...
单细胞RNA测序数据将分为不同的细胞类型,具有特征性的CXCR4表达(图4A)。CXCR4表达在与微胶质细胞/单核细胞和T细胞相对应的细胞亚型中显著高表达(图4B;微胶质细胞/单核细胞调整p值<0.05,log2倍数变化=4.68,T细胞调整p值=2.57e-100,log2倍数变化=4.52)。然而,肿瘤细胞中也有明显的CXCR4表达(图4A),尽管表达水...
对plac1阳性和阴性表达患者,使用了 edgeR 和 DEseq2 R 包对RNA-seq 数据进行差异基因分析,并对差异基因进行GO和KEGG功能富集分析。对单细胞数据集GSE103322中的 plac1 阳性细胞与也进行 KEGG 通路分析,对plac1 阳性和 plac1 阴性细胞进行 p-EMT 特征富集分析。
06 单细胞数据中CD44的表达 为了进一步评估CD44在免疫浸润中的作用,还通过scRNA-seq分析了CD44在胶质瘤中的表达。 CD44在所有八种鉴定细胞类型的表达如图 3A 所示。CD44在肿瘤细胞,巨噬细胞,星形胶质细胞和T细胞中 表达丰富(图3B)。此外,八个细胞簇的分布通过三维图可视化(图3C )。CD44与肿瘤细胞,巨噬细胞,星形胶...
目前来看,我们常见的针对单细胞的基因集富集分析算法有:GSEA、GSVA、AddModuleScore、AUCell、ssGSEA以及UCell等等,关于其中的鉴别以及或多或少的区别,如果只是单纯的跑流…
单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。
Microbe-seq技术集成了多种液滴微流控操作技术和定制开发的生物信息学分析手段，不需要培养即可从复杂微生物群落中获取成千上万个单细胞微生物的基因组信息，并组装出高质量的菌株水平基因组，从而能够在不损失分辨率或广泛物种适用性的基础上探究微生物群落的基因组。该方法可同时适用于其它复杂的微生物群落，如土壤和...
目前的单细胞全基因组测序技术均基于二代测序(NGS)平台,该平台检测准确度高,但是测序读长相对较短(通常只有150bpX2),主要适用于检测单个细胞中的单核苷酸变异(SNV)、小的插入缺失(<50bp,Ind…