首次对玉米自交系全生育期进行全自动高通量无损监测,通过图像批处理程序提取图像性状(i-traits),结合全基因组关联分析(GWAS)鉴定到与特定表型相关的核心SNP和候选基因,构建了基因-表型关联网络,深入解析了玉米株高形成的动态遗传基础和调控网络。
GWAS在玉米研究中的应用 玉米是应用GWAS的理想作物,并且近十年来取得了重大进展。迄今为止,从分子(包括转录组)到细胞(即代谢物)以及从个体形态特性(农艺,产量或繁殖特征)到与不同环境因子(生物或非生物胁迫耐受性)的相互作用的研究,以及大量的克隆基因和更多相应性状的候选基因的提出,全部使用GWAS方法。可见GWAS是玉米...
玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline ) 全基因组关联分析是基于数量性状连锁不平衡理论,通过表型与基因型关联分析获得影响表型性状的显著关联标记。 基本流程 1. 软件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mrMLM / PLINK / Structure / SPAGeDi 以上软件都是在 GWAS 分析中可能用到的软件。 2. 数据 Genotype (...
研究表明蜡质合成途径、细胞内运输和转录调控都参与调节叶片透气性。 研究为通过分子设计培育耐旱玉米奠定了基础。 总结 这项研究利用统计整合方法,发现了22个关键候选基因,拓宽了我们对玉米叶片气孔导度遗传调控机制的认识。特别是验证的ISTL1基因不同单倍型对气孔导度有显著影响,为分子育种提供了理论依据。希望这项研究...
为了从广义线性模型的结果降低假阳性率并使用额外的独立信息建立生物学意义的显着性阈值,我们使用最显着的开花时间GWAS SNP估计重叠率。重叠率被定义为共享的雄性和雌性顶部开花时间SNP与高度或纬度之间的重叠SNP的集合除以跨越显着性阈值的集合的并集。换句话说,假设开花时间相关的SNP代表我们当前最佳的真阳性候选者,...
【分子植物】玉米的GWAS研究 只看楼主收藏回复 uminoyoake 核心会员 7 一楼植物科学吧 送TA礼物 来自iPhone客户端1楼2017-03-11 00:16回复 uminoyoake 核心会员 7 来自iPhone客户端2楼2017-03-11 00:16 回复 uminoyoake 核心会员 7 来自iPhone客户端3楼2017-03-11 00:17 回复 ...
摘要以32份大刍草、68份玉米地方品种和来源广泛的294份玉米自交系为材料,在对294份玉米自交系进行简化基因组测序的基础上,采用GWAS方法对11个玉米穗型和粒型性状进行关联分析。结果表明,11个性状共检测到44个关联的SNP位点,其中,28个位点...
上海交通大学的研究人员通过全基因组关联分析系统研究了玉米籽粒中表型直链淀粉的含量与单核苷酸多态性的基因型的连锁研究,筛选出了与直链淀粉合成相关的关联SNPs以及有潜力的候选基因,为遗传调控研究玉米淀粉含量和品质改良提供了重要线索。 来自上海交通大学的研究人员发表了题为“The Genetic Architecture of Amylose Bio...
PLANT PHYSIOLOGY:严建兵等人使用GWAS方法研究玉米和水稻的种子的大小和重量; NEW PHYTOLOGIST:西南大学Lailiang Cheng研究组证明山梨醇合成减少导致异常雄蕊; Plant Biotech J:钱前研究组发表了“小花小穗”作为一种新型资源有可能提高水稻产量; Plant Cell &Environ:施华中等人阐述了HDA6在拟南芥中抗病中的作用。
根据Farm CPU算法对玉米苞叶性状表型可塑性进行GWAS分析,确定显著关联的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,进行候选基因的筛选和查找.结果表明,同一苞叶性状在不同环境中存在显著差异,因此本研究可以用环境方差衡量表型可塑性.除了苞叶长度与苞叶层数显著相关之外,其它性状的相关性均不显著.同一苞叶...