本文分析了玉米杂交种的株高、穗高以及转录组数据。全基因组关联研究(GWAS)发现,显性效应在杂交性状和中亲优势中起着重要作用。通过整合GWAS、表达GWAS(eGWAS)分析和模块eGWAS(meGWAS),优先确定了六个候选杂种基因,这些基因位于六个QTL(数量性状位点)区域内,其中包括跨越bZIP29基因的一个QTL。在杂交种群中,bZIP29表现出对两个性状和
研究采用全基因组重测序获得4,628,240个SNP标记,通过混合线性模型(AD模型)进行GWAS分析,同时结合RNA-seq数据开展表达数量性状位点(eQTL)和模块eQTL(meGWAS)分析。利用独立成分分析(ICA)构建共表达模块,通过转基因验证和tsCUT&Tag技术解析bZIP29的分子功能。 研究首先通过GWAS鉴定出52个PH相关QTL(11个加性、41个显性...
这项研究通过 GWAS 和转录组分析,成功鉴定出了 4 个与玉米苗期耐旱性相关的候选基因,其中 ZmGRAS15 的过表达可通过增加主根长度来提高玉米的耐旱性。这些发现为理解玉米耐旱性的遗传基础提供了重要信息,也为玉米耐旱育种提供了宝贵的基因资源。研究中开发的遗传材料、鉴定出的候选基因和单倍型,有望直接应用于耐旱玉米...
玉米驯化和改良是一个复杂的进化过程,受大量位点调控。本研究对与穗型和粒型显著关联的29个SNP进行驯化和选择分析,其中,有7个位点的等位基因频率在驯化过程中发生了显著或极显著改变,14个位点的等位基因频率在改良过程中发生了显著或极显...
全基因组关联分析是基于数量性状连锁不平衡理论,通过表型与基因型关联分析获得影响表型性状的显著关联标记。 基本流程 1. 软件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mrMLM / PLINK / Structure / SPAGeDi 以上软件都是在 GWAS 分析中可能用到的软件。 2. 数据 ...
本文分析了玉米杂交种的株高、穗高以及转录组数据。全基因组关联研究(GWAS)发现,显性效应在杂交性状和中亲优势中起着重要作用。通过整合GWAS、表达GWAS(eGWAS)分析和模块eGWAS(meGWAS),优先确定了六个候选杂种基因,这些基因位于六个QTL(数量性状位点)区域内,其中包括跨越bZIP29基因的一个QTL。在杂交种群中,bZIP29表...
近日由来自康奈尔大学、美国农业部农业研究服务局(USDA-ARS)和北卡罗来纳州立大学的研究人员组成的一个科研小组通过全基因组关联分析第一次在玉米基因组中鉴定了与玉米性状相关的遗传变异。两篇研究论文均在线发表在2011年1月9日的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。