读文献先读图：热图怎么看？什么是热图 热图是一种以颜色的变化来表示数据矩阵或数据集中程度的图表工具。通过颜色的深浅来表示数值的大小，颜色越深表示数值越大，颜色越浅表示数值越小。在生物信息学中，热图常用于展示基因表达、蛋白质相互作用、代谢途径活性等方面的数据信息。例如，在基因表达研究中，热图可以展示...
热图(Heatmap)是一种可视化方法,用于展示规则化矩阵数据的模式、趋势和关联性。在热图中,每个单元格的值通过颜色映射转换为不同的色调,并按照一定规则填充单元格。 热图的主要用途如下: 1.可视化数据分布:热图能够直观地展示数据的分布情况。高值、低值和中间值通过不同的颜色呈现,使得人们可以迅速识别数据中的模式和...
在使用颜色可视化数值表格的基础上,热图可以增加行和列的色块展示相关的行或列注释信息,如展示样品的取样部位、取样人、样品性别等属性,样品聚类热图配合样品来源的批次信息是初步判断样品受批次效应影响程度的一个方式,如下面宏基因组菌群图谱热图所示。 OTU丰度随生长期变化热图 下图是刘永鑫老师发表的一篇封面文章水稻...
该热图展示了此前GO富集分析的80个基因子集的表达变化,样本(WT组与MUT组)的变量是K700E是否突变。星号标注的是受1~8个差异剪接事件影响的基因。 03 热图相关的衍生图有哪些? ①聚类热图:常用于展示基因表达、蛋白质相互作用、代谢途径活性等方面的数据信息。
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pheatmap算是大家最常用的绘制热图的R包了。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 library(pheatmap)###构建示例数据 test=matrix(rnorm(200),20,10)test[1:10,seq(1,10,2)]=test[1:10,seq(1,10,2)]+3test[11:20,seq(2,10,2)]=test[11:20,seq(2,10,2)]+2test[15...
1. 关于热图的用途 热图的用途一般有两个。以RNA-seq为例,热图可以:1)直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化;2)呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。 第一个问题很容易理解,毕竟使用颜色(例如红绿的深浅)来展示多个样本多个基因的表达量高低,既直观又美观。
热图是对实验数据进行质量控制和差异数据的展现，单个热图由热图主体和热图组件组成。热图主体可以按行和列拆分，位于热图中央。热图组件包括标题、树状图、矩阵名称和热图注释（热图注释以行列为划分进行注释，一般列注释对应其样本来源，行注释对应分子学类型），位于热图主体的四个侧面。比如这幅图，要怎么看呢？我们先...