百问百答第035期 测序深度是体现二代测序的特异性与灵敏度的关键指标。专业点说测序深度是覆盖目标区域的碱基总量(bp)与目标基因组大小(Genome)的比值。简单说,测序深度就是目标基因的碱基被重复解读的次数,或者可以理解为放大镜、显微镜的放大倍数。 在...
1. 测序深度(Sequencing Depth, DP) 指测序得到的总碱基数(bp)与所测物种基因组大小的比值,其是评价测序量的重要指标之一,一般用多少X表示。一般随着测序深度的提高,测序产生的错误率或假阳性结果会随之下降。 例如测序产生了10000条读段(reads),每条reads的长度为150bp,所测物种的基因组大小为1000000bp (1M),...
外显子组测序(WES):50X-100X 用于基因突变检测。 RNA测序(RNA-seq):推荐 10-50M(百万)读长,或转录本表达分析的10X-30X覆盖。 靶向测序:深度可高达500X-1000X,如癌症基因检测中用于检测低频突变。 二、测序数据量(Sequencing Data Output) 测序数据量指的是整个测序实验中生成的总碱基对(bp, base pairs)数量。
测序深度:测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(GenomE.的比值,它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。重测序的个体,如果采用的是双末端或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保...
国内血液标本检测产品测序深度数据 整体来看,国内组织检测产品的测序深度大部分在指南建议的测序深度水平500X,当然也有高于或低于500X的测序深度的产品,低于500X的测序深度可能会存在漏检的情况。因此,建议病友在选择组织检测产品时关注这...
Ion Torrent二代测序系统 一、国内外研究应用进展 以高通量、低成本为特征的的第二代测序(next-generation sequencing, NGS)技术发展迅速,当前风靡测序市场的该类主要产品分别隶属于Illumina和Life Technologies公司。我们研究所已购置的NGS测序平台为Life公司旗下的Ion Torrent测序平台。Ion Torrent是基于半导体芯片的新一...
一、RNAseq中生物重复与测序深度的权衡 RNAseq可以从核酸层面为各种生物研究提供支持,最常见的就是实验处理下差异表达基因的筛选;并且随着测序成本减少,RNAseq已经是大多数实验的标配。 有时候,项目经费有限的情况下,我们应该怎么设计实验,尽可能地达到实验目的,需要考虑到实验重复和测序深度的选择。
测序深度(Sequencing Depth)通常用来描述在测序过程中对基因组或基因区域的覆盖程度。它通常以每个碱基被测序的平均次数来表示。换句话说,测序深度越高,就意味着每个碱基被测序的次数越多,从而提高了数据的准…
简而言之，测序深度是基因组区域的测序次数。在肿瘤检测项目中，高深度增加低频突变检出，但成本增加。高深度导致更多低频突变被检出，但真假突变的界定成为关键问题。这一界限需实验摸索，依赖大量实验数据。单纯增加深度不解决问题，阳性报出阈值如何界定？若无大量数据支持，界定难度加大。普通患者关注此点...
以目标区域大小为1M为例，测序深度2000X产生的原始数据量约为2G，分析1G数据大约需要4小时，因此2G数据的分析时间约为8小时。若测序深度提升至10万X，则原始数据量激增至100G，相应的分析时间则延长至400小时，即约16天。考虑到靶向捕获测序区域一般在几个M范围内，全外显子组约为30M，全基因组则达到...