本篇文章将探讨深度测序生物学分析的相关内容。 一、深度测序技术原理 深度测序技术是基于高通量平台的DNA或RNA测序,通过高通量测序仪器对样品进行测序,会得到几十亿个碱基对的数据。具体来说,深度测序技术的分子生物学原理主要包含以下几个步骤。 第一步是DNA或RNA的提取和纯化步骤,通常会使用标准的提取试剂盒和试剂...
1)在检测拷贝数的时候,GC含量低或者高的区域,其覆盖度小于GC含量中等的,但不意味着仅仅根据测序的覆盖度,就认为GC含量中等的拷贝数比高/低GC含量区域的高。 2)在做RNA测序分析的时候,GC含量高/低的区域reads数少,并不一定说明这个基因的表达量低。 3)在做基因组拼接的时候,因为GC偏好的存在,高/低GC含量的区...
另一个重要的分析步骤是变异检测。变异检测是通过比较测序数据与参考基因组的序列,以发现基因组中存在的突变和变异。这些突变和变异可能会导致疾病的发生和进展,因此对它们的准确检测和分析非常重要。 此外,深度测序还可以用来研究基因的表达水平。通过测序测量基因的表达水平,研究人员可以了解不同基因在不同组织或条件下...
对病毒全基因组进行测序,是利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列。山东深度测序分析原理 深度测序技术之所以称为深度测序(deepsequencing),是因为它是对传统测序技术的一次性改变,它通过一次性对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定(之前只是几十至多几千个碱基),同时,如此的高通量测序使得对一个物种的转录组...
1.高深度的重测序数据（20X）说明：当测序深度达不到20X时也可以进行分析，但是可能会存在假阳性或假阴性。2.参考序列集（reference panel）、trio家系或大样本【非必须】说明：良好的分相（phasing）效果会直接影响分析结果，参考序列集、trio家系、大样本都能够增加分相的效果，但如果以上信息都缺失，难以获得高质量...
深度测序数据分析部分1 1.1 肺炎的发生是有很多原因所致。病因可分为以下几类:①细菌性肺炎,可分为肺炎链球菌肺炎、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性莲球菌、肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌肺炎等。②非典型病原体所致肺炎,如军团菌、支原体和衣原体等。③病毒性肺炎,如冠状病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、...
RNA-seq,即转录组测序技术,又称为全转录组鸟枪法测序(WTSS),利用发展起来的高通量测序技术来测定一个样本组织中的全部RNA组成。利用高通量测序技术,对组织细胞中所有RNA反转录生成的cDNA文库进行测序,通过统计相关读段数,计算出不同RNA表达量进而实现后续分析。
基本假设: 由于分裂细胞释放DNA片段以无细胞DNA(cfDNA)的形式进入循环,cfDNA可能反映了体细胞组织的突变特征。血浆全基因组测序(WGS)中的点突变由于测序覆盖率...
1、深度测序的常用平台 1.1 Illumina测序系统 HiSeq X Ten、HiSeq X Five、HiSeq 4000、HiSeq 3000、HiSeq 2500、MiSeq系列、NextSeq系列 1.2 Roche 454测序仪 1.3 Applied Biosystems SOLiD 测序仪 2、常见的软件和分析…阅读全文 赞同16 1 条评论 分享收藏登录...
深度测序数据分析部分1 1.1 肺炎的发生是有很多原因所致。病因可分为以下几类:①细菌性肺炎,可分为肺炎链球菌肺炎、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性莲球菌、肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌肺炎等。②非典型病原体所致肺炎,如军团菌、支原体和衣原体等。③病毒性肺炎,如冠状病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、...