无需选择任何基因组作为参考基因组,直接输入全部基因组得到泛基因组;方法一:pggb,主要使用wfmash、seqwish和smoothxg对成对序列进行比对,并构建基于图形的泛基因组,最后进行归一化以完成图形的构建;方法二,Progressive Cactus ,其核心原理是构建一个称为 “cactus graph” 的结构,该结构能够捕获多个基因组之间的进化...
基于这些组装的比对,我们生成了一个初步的泛基因组,捕获了已知的变异和单倍型,并揭示了结构复杂位点上的新等位基因。此外,相对于现有的GRCh38参考基因组,我们还添加了1.19亿个真核多态性序列和1,115个基因重复。其中约9000万个额外的碱基对来自结构变异。与基于GRCh38的工作流相比,使用我们的初稿泛基因组分析短读数...
该项研究绘制了西瓜属全部7个种的28份代表性材料的端粒到端粒高质量基因组图谱,成功构建首个属级端到端超级泛基因组。得到总计768.5Mb,32,513个基因家族的西瓜属泛基因组,是单个西瓜基因组的1.5倍,增加了11,225个栽培西瓜中没有发现的基因。基于超级泛基因组图...
泛基因组专题三——构建方法 动植物泛基因组构建目前常用3种策略 #测序 #组学 #泛基因组 #凌波微视#基因组构建 - 凌恩生物于20240222发布在抖音,已经收获了2658个喜欢,来抖音,记录美好生活!
在当天潍坊市举行的《北京大学现代农业研究院暨潍坊现代农业山东省实验室全球首次成功构建西瓜属超级泛基因组图谱》新闻发布会上记者获悉,西瓜属端到端超级泛基因组是世界首次最全面的西瓜属基因组序列图谱和变异图谱,代表了西瓜科研领域最高水平。西瓜是世界重要的园艺经济作物之一,享有夏季“水果之王”的美誉,深受...
对545份材料进行平均深度97X的Denovo组装(Nanopore测序),对其中100个基因组进行了注释来构建泛基因组,并使用SV数据构建了图形泛基因组。该研究基于蚕的超级泛基因组进行了SV对基因表达、驯化繁殖、经济特征、适应性相关基因等方面的研究。该研究采样的全面性,是迄今为止动植物领域最大的基于三代数据多个个体组装进行...
研究揭示,鹰嘴豆属超级泛基因组由24827个基因家族组成。其中,14748个基因家族为核心基因,它们存在于鹰嘴豆属的所有物种,主要参与生长、DNA修复、细胞通信等基本生物功能;6212个基因家族为可变基因,它们存在于鹰嘴豆属的2-8个物种中,主要参与防御响应、生长素响应、生物刺激响应等生物功能。此外,研究团队还鉴定出...
为了更好地理解茶树的遗传特性和表型多样性,由中国农科院深圳农业基因组研究所(简称“基因组所”)张兴坦研究团队主导,联合国内多家单位成功构建茶树首个泛基因组图谱,研究成果于2023年11月28日以“Gene mining and genomics-assisted breeding empowered by the pangenome of tea plant Camellia sinensis”为题发表在国...
为了更好地理解茶树的遗传特性和表型多样性,由中国农科院深圳农业基因组研究所(简称“基因组所”)张兴坦研究团队主导,联合国内多家单位成功构建茶树首个泛基因组图谱,研究成果于2023年11月28日以“Gene mining and genomics-assisted breeding empowered by the pangenome of tea plant Camellia sinensis”为题发表在国...
7月8日,北京大学现代农业研究院在国际顶尖期刊《自然-遗传学》,在线发表了最新研究成果,在全球首次成功构建西瓜属超级泛基因组图谱,这也是中国科学家对世界西瓜种质资源创新和利用做出的最大贡献。 北京大学现代农业研究院副院长 作物遗传与种质创新...