非线性泊松-玻尔兹曼方程(Poisson-Boltzmann Equation) 在物理学、生物学和化学等学科中有着广泛的应用。 这个模型最早在一个世纪以前由 Debye 和 Hückel 提出,并且进一步被 Kirkwood 所发展。在过去的二十多年里,对该模型的研究兴趣主要集中在数值计算方面。 数值求解非线性泊松-玻尔兹曼方程的困难主要来自方程的非线...
泊松-玻尔兹曼方程(Poisson-Boltzmann Equation,PBE)是广泛应用于溶剂化生物分子静电分析的隐式溶剂化模型.本文在原有有限元软件基础上对近来提出的基于高阶有限元求解PBE的无条件稳定方法[9]设计并实现了一种高效的并行计算方法.无条件稳定方法对PBE拟时间迭代求解,避开了强非线性导致的不稳定性.基于非结构化四面体网格...
泊松-玻尔兹曼方程(Poisson-Boltzmann Equation,PBE)是广泛应用于溶剂化生物分子静电分析的隐式溶剂化模型.本文在原有有限元软件基础上对近来提出的基于高阶有限元求解PBE的无条件稳定方法[9]设计并实现了一种高效的并行计算方法.无条件稳定方法对PBE拟时间迭代求解,避开了强非线性导致的不稳定性.基于非结构化四面体网格...
泊松-玻尔兹曼(PB)理论被广泛地应用于电解质溶液的计算和分子动力学模拟中.本文提出了求解含离子尺寸效应的PB方程的快速迭代方法.通过构造凸的能量泛函,我们证明了离散的PB方程有唯一解.在求解含离子尺寸效应的PB方程时,我们将离子浓度视为静电势的标量函数,提出带有截断的牛顿迭代算法求解该方程.为了提高计算效率,迭代...
内容提示:2018年6月 Jun” 2018 数值计算与计算机应用 第3 9卷第2期 Journal on Numerical Methods and Computer Applications Vol.39, No.2 一种泊松■玻尔兹曼方程稳定算法的 高效有 限元 并行实现* 邓维山 (中国科学皖软件研究所, 北京100190; 中国 科学 院大学,北京1 00049) 徐进 (中国 科学 院 软件 ...
学校代码10530学号201009021075分类号O241.82密级硕士学位论文非线性泊松-玻尔兹曼方程的高效数值算法研究学位申请人殷培孟指导老师黄云清教授学院名称数学与计算科学学院学科专业计算数学研究方向偏微分方程数值方法理论及其应用二〇一三年四月二十日非线性泊松-玻尔兹曼方程的高效数值算法研究学位申请人殷培孟导师姓名**称黄云清教...
泊松-玻尔兹曼方程是一个非线性偏微分方程,除了在特定简化体系(如Gouy-Chapman模型)中能求得解析解外,一般采用数值解法,例如有限差分法或者有限元方法,常用的求解泊松-玻尔兹曼方程的软件包括APBS, Zap, MIBPB, AFMPB等。 泊松-玻尔兹曼方程的优势在于将溶液中的水简化为具有均一介电常数的电介质,这种隐式溶剂(Impl...
泊松-玻尔兹曼方程 泊松-玻尔兹曼方程 对于贝努力-泊松-玻尔兹曼方程，它是一个常微分方程，用来描述一个物理系统的时间演化。它的形式如下： $$\frac{\partial\psi}{\partialt}=-\frac{i}{\hbar}\hat{H}\psi$$ 其中，$\psi$是系统的波函数，$\hat{H}$是系统的Hamilton算符，$\hbar$是普朗克常数。
泊松-萨尔兹曼方程序在许多情况下都是一个有用的方程,无论是理解生理界面、高分子科学、半导体中的电子相互作用,还是更多。它旨在描述溶液中电势在垂直于带电表面的方向上的分布。这种分布对于确定静电相互作用如何影响溶液中的分子很重要。泊松-格尔兹曼方程是通过平均场